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生物信息学复习题及答案 ( 陶士珩 ) 生物信息学复习题及答案 ( 陶士 珩) 生物信息学复习题及答案 ( 陶士珩 ) 生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学 , 二级数据库 , FASTA 序列格式 , genbank 序列格式 , Entrez ，BLAST ， 查询序列（ query ），打分矩阵（ scoring matrix ），空位（ gap ），空位罚分， E 值 , 低复杂度区域，点矩阵（ dot matrix ），多序列比对，分子钟，系统发育 （ phylogeny ），进化树的二歧分叉结构，直系同源，旁系同源，外类群，有根 树，除权配对算法（ UPGMA ），邻接法构树，最大简约法构树，最大似然法构树，一致 树（ consensus tree ）， bootstrap ，开放阅读框 （ ORF ），密码子偏性（ codon bias ），基因预测的从头分析法，结构域（ domain ），超家族，模体（ motif ），序列表 谱（ profile ）， PAM 矩阵， BLOSUM ，PSI-BLAST ， RefSeq ，PDB 数据库， GenPept ，折叠子， TrEMBL ，MMDB ，SCOP ，PROSITE ，GeneOntology Consortium ， 表谱（ profile ）。 二、 问答题 1）生物信息学与计算生物学有什么区别与联系？ 2 ）试述生物信息学研究的基本方法。 3 ）试述生物学与生物信息学的相互关系。 4 ）美国国家生物技术信息中心 （NCBI ）的主要工作是什么？请列举 3 个以上 NCBI 维护的数据库。 5 ）序列的相似性与同源性有什么区别与联系？ 6 ）BLAST 套件的 blastn 、 blastp 、 blastx 、tblastn 和 tblastx 子工具的用途 什么？ 7 ）简述 BLAST 搜索的算法。 8 ）什么是物种的标记序列？ 9 ）什么是多序列比对过程的三个步骤？ 10）简述构建进化树的步骤。 11）简述除权配对法（ UPGMA ）的算法思想。 12）简述邻接法（ NJ ）的算法思想。 13）简述最大简约法（ MP ）的算法思想。 14）简述最大似然法（ ML ）的算法思想。 15）UPGMA 构树法不精确的原因是什么？ 16）在 MEGA2 软件中，提供了多种碱基替换距离模型，试列举其中 2 种，解释 其含义。 17）试述 DNA 序列分析的流程及代表性分析工具。 18）如何用 BLAST 发现新基因？ 19）试述 SCOP 蛋白质分类方案。 20 ）试述 SWISS-PROT 中的数据来源。 21 ）TrEMBL 哪两个部分？ 22 ）试述 PSI-BLAST 搜索的 5 个步骤。 三、 操作与计算题 1） 如何获取访问号为 U49845 的 genbank 文件？解释如下 genbank 文件 的 LOCUS 行提供的信息： LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 2 ） 利用 Entrez 检索系统，对核酸数据搜索，输入如下信息，将获得什 生物信息学复习题及答案 ( 陶士珩 ) 么结果： AF114696:AF114714[ACCN] 。 3) 相比使用 BLAST 套件搜索数据库， BLAST2 工具在结果呈现上有什 么优点？ 4 ） MEGA2 如何将