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系统发育软件 PHYLIP PHYLIP是一个包含了大约30个程序的软件包，这些程序基本上囊括了系统发育 的所有方面。PHYLIP是免费软件，并且可以在很多平台上运行（Mac, DOS,Unix, VAX/VMS,及其它）。根据其作者 Joe Felsenstein （来自于 the University of Washi ngton）所介绍的，PHYLIP目前已经是最广泛使用的系统发育程序。 PHYLIP是一个命令行程序，没有PAUP或者MACCLADE序那样的鼠标点击的界 面。软件的文档写得非常好，很容易理解，命令行界面也很简明。如果想使用某 一个程序，只要键入程序名称就可以了，程序界面可以从“ infile ”文件中自动 读取数据。然后，使用者可以从选项菜单中选择选项，或者直接接受默认值，然 后程序会将结果输出到一个叫做“ outfile ”（也可以是“ treefile ”）的文件中 去。如果另外一个程序还要读取这个输出文件，就必须将“ outfile ”文件改名 （改为“infile ”）。图9.10给出了建立一个自引导的相邻连接的进化树的步骤的 几个要点。接下来的部分我们将讨论一些用 PHYLIP程序推导进化树的细节问题。 分析蛋白质数据的程序 PROTDISTg序计算蛋白质序列比对的距离矩阵。这个程序允许使用者从三个氨 基酸取代的进化模型中选择其中之一。最简单的也是最快的（也是最不理想的） 模型假定每一个氨基酸编程其它19中氨基酸的机会都是均等的。第二种是类别模 型，在这个模型中，氨基酸分布在不同的分组中，按照转换的不同类别（转化成 本组的氨基酸或者其它分组的氨基酸）进行评估。推荐使用第三种（默认的）方 法，这个方法使用一张通过观察氨基酸转换得到的经验表，即 DayHoff PAM 001 方阵（DayHoff, 1979 ）。在 PHYLIP文档中和最新出版物（Felsenstein, 1996 ） 中可以找到详细资料。 PROTPAR程序计算蛋白质序列的似然值。这个方法使用的进化模型同 PROTDIST 程序中使用的进化模型不同，前者在评估观察到的氨基酸序列的转化的可能性 时，考虑到潜在的核苷酸序列的转换。特别地，它作出如下（富有生物学意义的） 假定：同义转化［比方说：GCAalanine） dGCC（alanine）］ 比非同义转化的发 生频率要高。这样，举个例子来说，如果两个氨基酸之间的转化需要在潜在的核 苷酸水平上进行三次非同义转换，那么这个转换的可能行比起那些在潜在的核苷 酸水平上只要进行两次非同义转换和一次同义转换的氨基酸转化的可能性要小。 PROTPAR?提供氨基酸转化的经验值选项（象 PAM方阵那样的）。 分析核酸数据的程序 DANDIST+算核苷酸序列的距离矩阵， 然后运行NEIGHBO或者PHYLIP软件包中 的其它距离矩阵程序计算输出结果，产生进化树。DANDIST允许用户从三种核苷 酸取代模型中选择其中之一。比较老的（1969） Jukes and Cantor模型同PROTDIST 程序中的简单模型很相似，前者假定所有的核苷酸取代频率都一相等。 比较近的 （1980） Kimura双#0;参数模型与之也很相似，但是它允许用户把颠换的权重 设置得比转换的权重要高。PHYLIP也包含DNAMJL这是一个针对核苷酸数据的最 大似然程序。因为这个程序执行起来相当慢，所以下面将描述一个推荐使用的程 序#0;#0;Gary Olsen s fastDNAml 程序（Oisen et al., 1994 ），这个程序 是DNAm的“姐妹”程序。 PAUP 开发PAUP（Swofford, 1997 ）的目的是为系统发育分析提供一个简单的，带有 菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。在苹果机 （Macintosh ）上使用过PAUP程序（版本3）的人对这个程序的菜单界面都会很 熟悉，虽然这个版本已经不再发行了。 PAUP 3.0只建立于MP相关的进化树及其 分析功能；而PAUP4.0已经可以针对核苷酸数据进行与距离方法和 ML方法相关 的分析功能，以及其它一些特色。 获取和编译程序 在商业版本发行之前，现行的出版物中，有成打的分析使用了 PAUP 4.0测试版 本（由原作者通过 blue@o 提供）。菜单界面的测试版本已经在 Macintosh 68K、PRC计算机和微软的视窗操作系统上编译通过。命令行版本已 经在 Sun Sparc、Supersparc、DEC Alpha（ OSF和 OPENVMS SGI（32位和64 位）以及linux上编译通过。 初学的用户应该将其中一个菜单版本浏览一遍。在这些版本中也可以使用命令 行，这样会使得命令教程会变得容易一些。通常而言，