蛋白质质谱样品污染及预防.pptxVIP

1 蛋白质质谱样品污染及预防 蛋白质组样品污染 污染来源 角蛋白：皮肤，毛发，衣服，灰尘 PEG：塑料试剂瓶，离心管，保鲜膜和PE塑料手套（PEG是塑料加工中的“润滑油”，国产离心管PEG残留可能较多） 表面活性剂：蛋白提取液，清洗玻璃试剂瓶的残留 （SDS，CHAPS，Triton，Tweens，ND-40） 影响范围 角蛋白：角蛋白质谱信号压制样品蛋白质谱信号，引起低丰度蛋白信号丢失。导致色谱柱污染和超载。 PEG和表面活性剂：抑制多肽电离，降低样品信号强度，驻留色谱柱，降低分离效率。 第1页/共8页 角蛋白和PEG：污染SDS胶和蛋白溶液 表面活性剂：污染蛋白溶液 蛋白质组样品污染的影响 角蛋白污染无法根除，可通过如下方法缓解 交叉污染：专用，分开储存的优质离心管 环境污染：洁净的实验室空间，减少灰尘和空气流动 接触污染：洁净的乳胶手套和实验服 表面活性剂和PEG：使用超滤管（10 kDa）去除 样品污染解决方法 第2页/共8页 4 样品污染问题 污染较少的SDS样品酶解后的TIC图 严重PEG污染的的SDS样品酶解后的TIC图 PEG污染信号 第3页/共8页 相对污染较少的SDS样品酶解后的质谱图 严重PEG污染的的SDS样品酶解后的质谱图 PEG污染信号 第4页/共8页 污染较少的SDS样品蛋白鉴定结果：目标蛋白得分远高于角蛋白污染 蛋白鉴定结果 角蛋白污染结果 第5页/共8页 严重角蛋白污染的SDS样品蛋白鉴定结果：角蛋白得分远高于目标蛋白 蛋白鉴定结果 角蛋白污染结果 第6页/共8页 BSA酶解液 进样量 fmol 得分 覆盖率% 1 2 4112 61 2 4 6098 71 3 6 8077 73 4 10 9946 81 5 10-2 12059 81 6 14 12663 81 7 20 17571 81 8 40 24250 87 9* 40 14375 88 2 fmol ，约0.1-0.2 ng 蛋白样品就能实现较可靠鉴定 不必一味追求大进样量 减小进样量也能控制和减少污染 液质联用在蛋白鉴定中的灵敏度 第7页/共8页