人类遗传统计基础—术语概念基础统计.pptVIP

◆例：6家系连锁分析，n=24,k=0,在θe=0处得到 Zmax =3.26， 等量观察数 　　n= Zmax / log2=3.26/log2=10.83, 　k=0 实际观察数24 比等量观察数11大，说明未知相与基因型而人为指定时夸大了资料的信息量。 第六十一页，共九十七页。 ◆简单家系资料的精确检验(n家系,m子女) 已知相双回交家系，可明确判断重组数k，可计算Zmax，以及结果显著的概率ps (样本空间里那些*的样点概率之和)。 对不同θ值，计算的ps列于表中: 当n10, Zmax不可能3， 当n=10-15，仅Zmax(0/n)可3,故ps=(1-θ)n， 当n=16-19，仅Zmax(0/n)和Zmax(1/n)可3,故 ps=(1-θ)n+nθ(1-θ)n-1 。 第六十二页，共九十七页。 “n双回交家系,m子女”不同θ下得到显著性结果的概率 *原为nm=10 **原为nm=16 Z0=3 Z0=2 相已知 相未知 已知 未知 θ n=10 m=1 * n=16 m=1** n=10 m=2 n=10 m=3 nm=7 n=7 m=2 n=4 m=3 0 0.01 0.05 0.10 0.20 0.30 0.40 0.50 1 0.904 0.599 0.349 0.107 0.028 0.006 0.001 1 0.989 0.811 0.515 0.141 0.026 0.003 0.00026 1 0.819 0.369 0.137 0.021 0.004 0.001 0.001 1 0.966 0.572 0.202 0.015 0.001 0.00008 0.00003 1 0.932 0.698 0.478 0.210 0.082 0.028 0.008 1 0.869 0.497 0.249 0.067 0.022 0.010 0.008 1 0.886 0.541 0.284 0.073 0.019 0.006 0.004 第六十三页，共九十七页。 可见: 1。如果以Zmax3(或2)为依据，则α不再固定。故有人建议除了报道Zmax，还要报道p值。 2。仅当连锁紧密时(θ=0.01)功效好。 ◆多重检验问题：单个检验假阳性概率α1，g次独立检验后假阳性概率 α=1-(1-α1)g ? α1=1-(1-α)1/g ? α1≈α/g，称Bonferroni校正。 第六十四页，共九十七页。 另一方面，排除掉一部分标记位点增大了剩余标记位点连锁的先验概率。二者抵消?以基因组为单位的假阳性概率不用校正。 但对复杂性状，无事先假定的疾病位点，须通过检验来发现，不存在增大剩余标记位点连锁先验概率效应，随着标记位点增加，位点间图距缩小(或只是重复检验次数增加)以基因组为单位的假阳性概率也增加。按Bonferroni校正原理，有人提出一个简单公式(Kidd-Ott 1984)： 第六十五页，共九十七页。 ◇记单个检验水准为α1，g次检验后水准约为α=gα1?gα1≦10-Z(这个Z控制了总水准) ?α1≦10-(Z+log(g)) ?为了控制总水准，取单次检验界值为 Z0=Z+log(g)。 例如,当Z=3,做5次检验,可取 Z0=3+log(5)=3.69897 一般可通过模拟(例如SIMULATE程序)来近似总水准。 ◆对受累同胞对分析情形,有人对标记位点的不同图距计算了α1和Z0 ： 第六十六页，共九十七页。 受累同胞对分析,给定相邻标记位点图距 和全基因组扫描总水准α=0.05时的lod分数界值 据Bonferroni校正结果，相邻标记位点图距在8cM以上时大致可视为稀疏(独立) 相邻位点距离 Lod分数界值 单个检验水准α1 Bonferroni校正的水准α 10cM 5cM 2cM 1cM 0.1cM 2.58 3.06 3.24 3.35 3.63 0.000136 0.000088 0.000057 0.000044 0.000022 0.046 0.059 0.093 0.139 0.557 第六十七页，共九十七页。 ◆家系资料的似然函数：L=p(x1,x2,…,xm),此处xi表示第i个家系成员的表现型。 L条件独立：L=p(x)=∑gp(x,g)=∑gp(x|g)p(g) ◆Elston-Stewart算法：逐步计算条件概率L=∑p(xm-1|gm-1)p(gm-1|.)p(xm|gm)p(gm|.)，从家系最底层开始 (LINKAGE) ◆Lander-B