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SnapGene 使用教程
一、SnapGene 中的几个View 介绍
View1:Map
1. 打开一个质粒图谱文件，在Topology option 处选择circular。得如下界面：
显示质粒图谱的酶切位点。右侧箭头可显示不同厂家出售的酶。
显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击其显示的箭头可显示该ORF 的片段大小、GC%值等一些信息。
显示片段名称。
△给非编码序列命名：如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧 sequence ， 找到两个酶切位点之间的序列。
View2:Sequence
点击 Sequence，得到如下界面：
显示编码的氨基酸序列，有缩写和全写两种。
View3：Enzymes
点击 Enzymes，得到如下界面：
View4：Features
点击 Features，得到如下界面：
显示各个已命名片段的一些特点。
二、 对片段进行注释
给编码序列命名：
点击其中一个箭头，按 Feature→Add Translated Feature，弹出以下窗口：
Feature：给该片段命名。 Type：选择该片段的类型，右侧箭头代表阅读方向。Color：选择颜色。
给非编码序列命名：
如多克隆位点。先找到质粒图谱中的多克隆位点的第一个酶切位点和最后一个酶切位点。点击左侧 sequence ，找到两个酶切位点之间的序列。
给质粒图谱增加引物序列：
按 Edit→Find，输入引物序列，找到质粒序列对应位置，点击Primers→Add primer，弹出该界面：
按上下游引物选择 Top Strand 还是 Bottom Strand，在 Primer 处可给该引物命名，随后即可显示该引物在图谱 Map 中的位置。
三、 创建新 DNA 文件
打开 SnapGene，点击 New DNA File，弹出以下窗口：
在 Create the following sequence 窗口下输入 DNA 序列，并对该文件命名，点击 OK。或是点击 Import from Genebank，输入 NCBI 中某序列的 access number，点击 OK。
此时弹出如下窗口：
对该序列进行注释：点击 Features→Add Feature，对该序列进行命名注释。
△创建质粒图谱文件方法相同。
1.创建一个 DNA 序列文件，点击四、处理序列翻译信息
1.创建一个 DNA 序列文件，点击
2.显示如下箭头：
3.点击 Sequence，点击
3.点击 Sequence，点击
右侧箭头，选择 All 6 Frames，可得到编码序列的
所有情况，其中
代表的是终止密码子。
4.添加内含子：根据内含子的位置，点击 Edit→Select Range，输入内含子碱基位置。点击 Features→Delete Feature Segment，得到如下图：
紫色粗带为外显子，虚线为内含子部分。
五、引物、PCR 和突变绘制
PCR 引物绘制：在多克隆位点处找到合适的两个酶切位点。如 BamHI 和XbaI，在目的基因两侧截取 15-30bp 序列，点击 Primers→Add primers，选择top strand 或 bottom strand，如图：
给该引物命名，然后点击 Insertion，在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列，如图选择了 BamHI，点解 Insert：
然后在该序列 5’端上添加数个碱基作为保护碱基。点击完成。
△下游引物设计相同，不再赘述。
突变引物绘制：在目的基因上截取一小段包含要突变位点的序列，点击Primers→Add primers，为该引物命名，在 5’序列突变位点的三个碱基画黑，如图：
点击 Insertions，选择突变成的氨基酸，点击 Insert。即可获得该突变引物， 点击 Reverse Complement，可获得反向引物。
六、模拟标准限制性克隆
1.打开被插入片段的质粒图谱，选择合适的两个酶切位点，如 HindIII 和ApaI，如图：
点击 Actions→Insert Fragment，点击 HindIII+键盘 Shift 键+ApaI，点击Insert，在 source of fragment 处选择插入的目的片段来源。点击上述同样的酶，给该重组质粒命名，点击 clone。
七、 模拟融合克隆
打开一个需要插入片段质粒图谱，点击 Actions→Insert One Fragments， 弹出以下窗口：
点击 sequence，找到想要发生替换的位点。
4. 点击用于替换的片段，观察该片段阅读方向与被替换质粒位点的方向是否一致，如不一致，点击更换方向。点击 Fragment
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