寻找差异表达的基因.docxVIP

＞基因表达谱数据 基因表达谱可以用一个矩阵来表示，每一行代表一个基因，每一列代表 一个样本（如图1）。所有基因的表达谱数据在“gene_exp.txt”文件中存 储，第一列为基因的entrez geneid,第2~61列是疾病样本的表达，第 62~76列是正常样本的表达。 图1基因表达谱的矩阵表示 ＞寻找差异表达的基因： 原理介绍： 差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关 miRNA 以及基因的方 法，目前也有很多差异表达分析的方法，但比较简单也比较常用的是 Fold change方法。它的优点是计算简单直观，缺点是没有考虑到差异表达的统计 显著性；通常以2倍差异为阈值，判断基因是否差异表达