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蛋白质组学是一门说明生物体各种生物基因组在细胞中表达的全部蛋白质的表达模式及功能模式的 学科。包括鉴定蛋白质的表达、存在方式（修饰形式）、结构、功能和相互作用等。 定义2：研究基因组编码的全部蛋白质的结构、性质和功能的学科。 蛋白质组：由一个细胞或者组织的基因组所表达的全部相应的蛋白质，称为蛋白质组。 蛋白质组学的重要性表达在： 研究基因组功能的重要途径：使基因功能验证具有针对性和目的性转录物丰度与蛋白质的丰度相关性：mRNA表达水平与翻译水平的相关性 蛋白质功能：蛋白质的多样性在转录后产生，活性依赖于翻译后修饰特殊研究对象：体液、血清等生物样品 药物治疗靶标：蛋白质是与治疗最相关的分子。 蛋白质组学研究范畴： 1、蛋白质别离：蛋白质别离方法、蛋白质组表达谱2、差异蛋白质组：差异蛋白质寻找及验证、蛋白质表达定量技术 3、蛋白质互作：蛋白质相互作用、蛋白质互作网络谱4、蛋白质修饰：蛋白质修饰类型、修饰对蛋白质功能的影响 5、生物信息学：肽质量数据分析、蛋白质数据库建设蛋白质别离策略 Gel-based:SDS 双向电泳LC-based：液相色谱、多维色谱 双向电泳原理基于电荷的别离一IEF 等电点：蛋白质净电荷等于零时的环境pH值；蛋白质等电点由其组成氨基酸决定等电聚焦原理：当介质PH高于等电点时，蛋白质带负电；介质PH低于等电点时带正电；外加电场 会使蛋白质分子移动，直到其到达等电点位置。 基于分子量的别离一SDS丙烯酰胺单体与交联剂聚合形成的交叉网络结构的长链聚合物。可根据不同的别离目的，配置不同 浓度的PAGE胶。 蛋白质相对分子量、等电点和相对丰度。二维电泳别离后的蛋白质经染色后，最后显现的是二维排 列的蛋白质点。 2DE程序及样品制备蛋白质样品制备一第一向电泳IEF-IPG胶条平衡一第二向电泳SDSf胶上蛋白质染色检测 双向电泳技术面临的挑战：载样量低；重复性较差；线性动态范围窄；自动化程度低 液相色谱技术 基于LC技术的研究策略：LC：任何混合物组分在两相中进行分配的别离技术都称之为色谱。 液相色谱技术的优点： 可鉴定具有极端pl、疏水性、分子量的蛋白质：低于10KD,高于150KD,适合膜蛋白上样量大：对低丰度蛋白质具有很好的富集和检出能力 选择性、重复性好：适用于成分复杂的样品，良好的技术重现性自动化程度高：易于和其他技术联用 液相色谱种类及原理： 亲和色谱AC：基于蛋白质和专一性的配基的亲和力进行别离（亲和去除：albumin、IgG.亲和纯化: GSTTag、His Tag）离子交换色谱IEX：基于蛋白质所带电荷进行别离（阳离子交换；阴离子交换） 反相色谱RPC：基于样品的疏水性别离分子排阻色谱SEC：基于样品的分子量大小的别离 多维色谱 质谱组成局部： 离子源：电喷雾离子化（软电离：大分子电离后保存整个分子的完整性，不会形成碎片离子）；基质辅助激光解析/离子化 质量分析器：三级四级杆分析器；飞行时间分析器；离子阱分析器检测器 质谱鉴定蛋白质的一般流程：别离蛋白质一样品酶解一384位样品靶一MALDI质朴分析一数据处理和数据库检索一蛋白质ID信息 肽质量指纹谱：每个肽段都对应一个分子量质谱数据匹配不成功的原因： 样品太少蛋白质污染 胰蛋白酶没有相应的数据库 新蛋白基于2DE的差异蛋白质组学分析流程及优缺点： 流程A、B—图像分析确定差异点一差异蛋白质质谱分析一MAIDI-MS/MS一数据搜寻蛋白质鉴定一 数据处理与生物信息学分析oooooo差异蛋白质质谱分析f ESI-MS/MS- OOOOOO 优点：技术路线成熟；直观性好；费用低；展示差异蛋白质的PI和Mw缺点：不适合于很复杂的样品；线性动态范围较窄；不适用于强疏水性，强碱性，分子量过大的蛋 白质。 DIGE技术优点：重复性好；防止人为操作误差；毕传彤DE动态范围有所增加。 缺点：标记效率低可能产生假阴性；仍受限于2DE的别离能力；对质谱鉴定要求更高。 I ,,I I/蛋白质组学内容：蛋白质结构二分布。蛋白质功能、丰度变化。蛋白质修饰、蛋白质间相互作用、 蛋白质与疾病的关联性。 蛋白质组：指的是基因编码的全部蛋白质，某一物种、个体、器官、组织乃至细胞的全部蛋白质。 蛋白质组研究的核心是系统识别一个细胞或组织中表达的每一个蛋白质，以确定每个蛋白质的突出 特征。其分析技术包括别离蛋白质和肽的别离科学、识别和定量分析物的分析科学和数据管理及其 分析的生物信息学。 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差异，它随着组织、甚至环境状态的不同而改变.在转录时， 一个基因可以多种mRNA形式剪接，并且，同一蛋白可能以许多形式进行翻译后的修饰.故一个蛋 白质组不是一个基因组的直接产物，蛋白质组中蛋白质的数目有时可以超过基因组的数目. 蛋白质组的研究意义 蛋白质是生理功能的执行