基因测序原理.pptx

基因测序原理;主要内容: 什么是基因组 什么是基因 DNA测序的方法 DNA序列的组装 人类基因组计划 水稻基因组计划 后基因组学;1. 什么是基因组 ;Zea mays 8,000 Homo sapiens 3,000 Oryza sativa 400 Drosophila melanogaster 165 Arabidopsis thaliana 100 Saccharomyces cerevisiae 12 E.coli 4.6 ;什么是C 值？ 通常是指一种生物单倍体基因组DNA的总量.;;重复顺序;;; 是遗传信息的物理和功能单位，包含产生一条多肽链或功能RNA所必需的全部核苷酸序列。 基因分类： 编码RNA的基因，如rRNA基因，snRNA基因等； 编码蛋白质的基因 ;;;;;;*部分重叠 如： K和C *两个基因共用少数 碱基对 如： D和J ;3. DNA测序的方法 链终止法测序 化学降解法测序 自动化测序 非常规DNA测??;3.1 链终止法测序(the chain termination method) 基本原理: 通过合成与单链DNA互补的多核苷酸链，由于合成的互补链可在不同位置随机终止反应，产生只差一个核苷酸的DNA分子，从而来读取待测DNA分子的顺序。;技术路线与要求;;;3.2 化学降解法测序 基本原理: 在选定的核苷酸碱基中引入化学集团,再用化合物处理,使DNA分子在被修饰的位置降解. ;技术路线;Maxam-Gilbert 法所用的化学技术;;3.3 自动化测序;;;DNA芯片测序 基本原理 将各种排列顺序的寡核苷酸点播在芯片上, 每个点播的寡核苷酸在排列的方阵中都有指定的位置.待检测的DNA分子与芯片温浴,凡是能杂交的寡核苷酸都会在确定位置发出信号,然后根据获取的信息将寡核苷酸的顺序进行对比组装,拼接成完全的DNA顺序. ;利用基因芯片进行杂交测序的原理 ;4 序列的组装;A;实例:流感嗜血杆菌基因组的测序及顺序组装; 各重叠群间仍有间隙 顺序间隙 物理间隙 ↓ ↓ ;4.2 限制测序;4.3 指导测序与序列组装; 先将染色体打成比较大的片段(几十-几百Kb), 利用分子标记将这些大片段排成重叠的克隆群(Contig), 分别测序后拼装. 这种策略叫基于克隆群(contig-based)的策略.;两种策略的比较;4.5 其他测序路线;EST (Expressed sequence tag) 测序 EST是一种重要的基因组图分子标记,以EST为探针很容易从 cDNA文库中筛选全基因,又可从BAC克隆中找到其基因组的基因序列. 优点: A mRNA 可直接反转录成cDNA,而且cDNA文库也比较容易构建; B 对cDNA文库大量测序,即可获得大量EST的序列; C EST为基因的编码区,不包括内含子和基因间区域,一次测序的结果足以鉴定所代表的基因;;5.人类基因组计划;5.1 人类基因组计划的目的;5.2 人类基因组草图的完成; A. Celera Genomics 人类基因组的测序策略 ;采集5个自愿者的DNA样品;B 国际人类基因组测序策略 构建BAC克隆 ↓ 限制性酶处理获得指纹 ↓ 根据指纹重叠方法组建BAC克隆重叠群 ↓ 根据STS标记,将BAC克隆重叠群标定在物理图上 ↓ 每个BAC克隆内部采用鸟枪法测序,组装 ↓ 将BAC插入顺序与BAC克隆指纹极重叠群对比,将已阅读的顺序锚定到物理图上;;;人类基因组研究的惊人发现;什么是单核苷酸多态性;5.5 人类基因组计划的意义;5.6 人类基因组计划的论理学;6. 后人类基因组计划;7 水稻的基因组;本章要点;本章内容结束谢谢!;第二讲 基因组序列诠释;问题;主要内容：;1. 寻找基因;