蛋白质的结构.pptVIP

肽段几乎完全伸展，肽平面之间成锯齿状； 肽段呈现平行排列，相邻肽段之间的肽键形成氢键，其中的每一股肽段被称为β股； 侧链基团垂直于相邻两个肽平面的交线，并交替分布在折叠片层的两侧； 肽段平行的走向有平行和反平行两种，前者指两个肽段的N-端位于同侧，较为少见，后者正好相反。由于反平行折叠所形成的氢键N-H-O三个原子几乎位于同一直线上，因此，反平行β-折叠更稳定。 反平行β-折叠的每一个氨基酸残基上升0.347nm，正平行的每一个氨基酸残基上升0.325nm。β-折叠的二面角（ф,ψ）等于（－119o，+113o）。 β折叠的主要内容 第31页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 β折叠的片层结构和β股之间的氢键 第32页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 两种β折叠的结构比较 第33页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 同一条肽链的不同肽段 不同的肽链 不同的蛋白质 构成β折叠的β股来源 Raf蛋白和Rap蛋白通过β折叠形成二聚体 第34页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 肽链骨架以180?o回折而改变了肽链的方向； 由肽链上四个连续的氨基酸残基组成，其中n位氨基酸残基的-C=O与n＋3位氨基酸残基的-NH形成氢键； Gly和Pro经常出现在这种结构之中； 有利于反平行β-折叠的形成，这是因为β-转角改变了肽链的走向，促进相邻的肽段各自作为β-股，形成β-折叠。 β转角的主要内容 第35页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 β凸起是由于β 折叠的1个β股中额外插入1个氨基酸残基，使原来连续的氢键结构被打破，从而使肽链产生的一种弯曲凸起结构。β凸起主要发现在反平行β折叠之中，只有约5%出现在平行的β折叠结构之中。β凸起也能轻微地改变多肽链的走向。 β突起的主要内容 第36页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 β转角的两种类型 第37页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 在蛋白质分子中，除了上述四种有规则的二级结构以外，还有一些极不规则的二级结构，这些结构统称为无规则卷曲。一般说来，无规则卷曲无固定的走向，有时以环的形式存在，但也不是任意变动的，它的2个二面角（ф,ψ）也有个变化范围。 将相邻二级结构连结在一起的环结构（黄色） 环与无规则卷曲 第38页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 三级结构是指多肽链在二级结构的基础上，进一步盘绕、卷曲和折叠，形成主要通过氨基酸侧链以次级键（有时还有二硫键和金属配位键）维系的完整的三维结构。三级结构通常由模体（motif）和结构域（domain）组成。稳定三级结构主要包括氢键、疏水键、离子键、范德华力。 蛋白质的三级结构 第39页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 一种蛋白质的全部三维结构一般被称为它的构象。注意不要将构象与构型混为一谈。构型是指在立体异构中，一组特定的原子或基团在空间上的几何布局。两种不同构型的转变总是伴随着共价键的断裂和重新形成；一个蛋白质可以存在几种不同的构象，但构象的转变是单键的自由旋转造成的，无共价键的断裂和形成。 由于构成蛋白质的多肽链上存在多个单键，至少在理论上一种蛋白质会可能具有许多不同的构象。然而，在生理条件下，一种蛋白质只会采取一种或几种在能量上有利的构象。 蛋白质构象 第40页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 X-射线晶体衍射 核磁共振影像（NMR）（少于120aa)。 X射线衍射的电子密度图 确定蛋白质三级结构的方法 蛋白质晶体 被还原出来的三维结构 第41页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 表示蛋白质三维结构的六种模型 第42页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 结构生物学的模体有两种不同的用法：（1）是指在蛋白质或核酸一级结构上，特指具有特殊生化功能的特定氨基酸或碱基序列，因此被称为序列模体；（2）是指具有特定功能的或作为一个独立结构域一部分的相邻的二级结构的聚合体，它一般被称为功能模体或结构模体相当于超二级结构。 常见模体（1） β发夹环—两个反平行β股由一个环相连；（2） β折叠-α螺旋-β折叠，即βαβ；（3）卷曲螺旋和螺旋束—两个或多个α螺旋的聚合体； （4） α螺旋-环-α螺旋（EF手相） ；（5）α螺旋-β转角-α螺旋，即αβα；（6）Rossmann卷曲；（ 7）希腊钥匙 模体（motif） 第43页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 β发夹环 βαβ 卷曲螺旋 四螺旋束 第44页，共81页，2022年，5月20日，7点51分，星期六 α-螺旋-β-转角-α-螺旋 α-螺旋-转