蛋白质组相关生物信息学.pptVIP

7.其它数据库如下图 PDB中的每条记录有显式序列（explicit sequence）和隐式序列(implicit sequence)信息。 PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。在实际应用中，PDB数据库应与结构模型显示软件相结合。由于PDB的主要信息是三维结构，如果直接将三维结构信息以文本的形式返回给用户，用户将难以读懂这些信息。实用的方法是通过分子模型软件，以图形方式显示三维结构。互联网上有许多可以利用的分子模型软件如RasMol、 CHIME 、MolPOV等，这些软件能够以各种各样的模型显示出生物大分子的三维结构如结构骨架模型、棒状模型、球棒模型、空间填充模型和带状模型等。此外，PDB还说明了蛋白质某些特定部位的二级结构类型如a螺旋和b折叠。 观看生物分子3D微观立体结构的软件,可以旋转, 以多个模式观看，并可以存成普通图形文件。 IE与NetScape浏览器插件,安装后,可以直接用浏览器观看 PDB格式的文件,直接在浏览器中观看3D分子。 CHIME 2.6 SP6 是PDB格式至POV格式转化工具，可以将大分子PDB格 式文件转化为POV格式，以便用pov-ray进行三维渲染， 生成质量非常高的分子三维图形。软件有许多选项， 只需设定这些选项，便能生成相应的POV格式文件， 直接调用Pov-Ray软件，生成相应的非常高质