第11章 计算化学简介.pptVIP

其中，Ab initio investigations of the transport properties of Haeckelite nanotubes一文被Nature杂志的Nature CHINA作为最新研究亮点(Research Highlights)加以评介： 由Tripos软件公司开发，已成为计算机辅助药物设计领域、生命科学及相关工业领域广泛使用的科研工具。 Tripos公司研发总裁Cramer于1988年提出比较分子场分析方法（CoMFA），将定量构效关系（QSAR）研究由2D推进到3D；目前已发展为Topomer CoMFA，显著缩短了建模时间，并能直接搜索出适合QSAR模型的分子。 软件功能包括：分子模型的构建、优化、重叠、对接、定量构效关系研究；化合物吸收、分布、代谢、排泄特征的预测；虚拟筛选；基于药效基团、结构或数据库检索的药物设计；组合化学与分子多样性的挖掘；NMR数据分析；分子力学、分子动力学、量子化学计算等。每种功能又由几个模块分工合作来完成。 有志于计算机的青年化学家将是创造新世纪的主力军。 ──R.Breslow (美国化学会会长) （3）点击能级选择要显示的MO，按下Plot按钮显示MO图形： 如果在Orbital squared前边的方框中打勾，就显示电子云： 7. ComputePlot Molecular Graphs…, 弹出Plot Molecular Graphs…对话框： 可选择显示其他图形，如分子静电势图、总自旋密度图、总电荷密度图等： 8. 为了在分子模型上显示元素符号(Symbol)、原子净电荷(Charge)、自旋布居(Spin Population)、手性中心(Chirality)、键级(Bond Order)等，先把分子模型的显示风格改为sticks，再用菜单命令DisplayLabels, 弹出对话框来选择： 原子净电荷 Ab initio和Semi-empirical方法都可计算红外光谱（EHMO、MP2除外）。以PM3方法为例： 1. 优化分子构型并保存。 2. SetupSemi-empirical…, 弹出对话框，选择PM3；按下Options按钮，弹出对话框，设定有关参数。 3. ComputeVibrations，执行计算。 4. 计算结束后，ComputeVibrational Spectrum, 显示红外光谱。顶部是所有可能的激发，底部是允许跃迁产生的谱带（线条图）和相对强度。单击任一线就显示有关信息。 5. 在Animate Vibrations前打勾，单击某一条谱带，按下OK按钮可观看正则振动的动画。为看的清楚，最好将分子模型预先用球棍式显示。增大Amplitude值可增大振动幅度，增大Frames值则减小振动频率，以改善演示效果。不必担心这样做会歪曲分子振动的真实频率，这只是一种形象的演示，事实上，即使肉眼能看见分子，振动之快也无法观察！ Ab initio和Semi-empirical方法都可计算电子光谱（EHMO除外）。以PM3为例： 1. 优化分子结构并保存。 2. SetupSemi-empirical…, 弹出对话框，选择PM3： 按下Options按钮，弹出对话框，点击按钮Configuration Interaction，弹出对话框： 选择Singly Excited和Orbital Criterion，在Occupied和Unoccupied中分别填入大于3的整数： 3. ComputeSingle Point，执行SCF计算，获得基态的电子组态，并产生有关单激发态，计算电子光谱。 4. 计算结束后，ComputeElectronic Spectrum, 弹出对话框显示电子光谱。顶部是所有可能的激发，底部是允许跃迁产生的谱带系（线条图）和相对强度。单击任意一条线，下方就显示有关信息。 1. 选择一个键、键角或二面角。 2. ComputePotential…, 弹出Potential Plot对话框（二面角与键角的对话框相同），输入初始和终了的结构参数和步长，点击OK按钮。 3. 计算完成后，自动显示分子势能曲线： HyperChem对于构建蛋白质和核酸分子也是极好的工具。用菜单DatabasesAmino