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《计算机分子模拟》教学大纲 一、课程基本信息 课程名称 计算机分子模拟 Computer Molecular Simulation 课程编码 MAT322131020 开课院部 材料科学与工程学院 课程团队 计算材料学教学团队 学分 2.0 课内学时 32 讲授 32 实验 0 上机 0 实践 0 课外学时 0 适用专业 （公选课组） 授课语言 中文 先修课程 课程简介 （任选） 计算机分子模拟是以计算机及计算机技术为工具和手段，运用计算数学的方法，解决复杂物理、化学、生物等问题的一门应用学科。课程是面向全校各专业学生的一门公选课，需要学生具有基本的大学物理和计算机知识。通过学习计算机分子模拟领域涉及的基本概念、数学基础与方法，掌握量子化学计算的基本知识和基本方法，掌握蒙特卡罗计算机模拟的基本知识和基本方法，掌握分子动力学计算机模拟的基本知识和基本方法，熟悉分子模拟方法在材料设计、晶体生长、油田化学、电解质溶液、生物制药等领域的应用，了解 Gaussian 09W、VASP、Material Studio 等分子模拟程序的功能，训练学生用计算机解决复杂材料问题的能力。 Computer molecular simulation is an applied course of solving complicatedly physical, chemical, and biological problems by using computational mathematics method based on computer and computer technology. The course is a general elective course for all the students of the whole school, who must have the basic knowledge of college physics and computer fundamentals. Through the study of the basic concepts and mathematics foundation, the students must grasp the basic knowledge and methods of quantum chemistry calculations and MD and MC simulations, be familiar with the application of molecular simulations on materials design, crystal growth, oilfield chemistry, electrolyte solution, biopharmaceutical, and so on, understand the function of software packages of Gaussian 09W, VASP, and Material Studio, and train the students’ abilities of solving complex material problems by computers. 负责人 大纲执笔人 审核人 二、课程目标 序号 代号 课程目标 OBE 毕业要求指标点 任务 自选 1 M1 目标1：掌握量子化学、分子动力学和蒙特卡洛模拟的基本知识、基本概念、基本方法和计算程序。 是 2 M2 目标2：培养利用分子模拟技术研究解决材料设计、晶体生长、油田化学、电解质溶液、生物制药等领域中复杂材料问题的能力。 是 三、课程内容 序号 章节号 标题 课程内容/重难点 支撑课程目标 课内学时 教学方式 课外学时 课外环节 1 第1章 前言 本章重点难点：分子模拟方法的理论基础。 / / / / / 2 1.1 计算机分子模拟的发展 计算机分子模拟的理论基础，分子模拟方法的发展历史，计算方法简介。 M1 1 讲授 / / 3 1.2 计算机分子模拟的应用 分子模拟在石油石化、生物工程和新材料开发等研究领域的应用和发展趋势。 M1 1 讲授 / / 4 第2章 量子化学计算 本章的重点难点：第一性原理、H-F方法、自恰场SCF、DFT的基本方程。 / / / / / 5 2.1 量子化学计算发展史 第一阶段1927年到20世纪50年代末，第二个阶段20世纪60年代以后，三种化学键理论的建立和发展。 M1 1 讲授 / / 6 2.2 基本原理和半经验方法 薛定谔方程，第一性原理，HF方程，SCF迭代。 M1 1 讲授 / / 7 2.3 密度泛函理论方法 DFT可以解决的问题，Kohn-Sham 自