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生物信息学应用基本知识(一) 序列比对第一页，共二十三页。 主要数据库(Database) NCBI 美国国立生物技术信息中心 EMBL欧洲分子生物学实验室 DDBJ共同构成了国际核酸序列数据库,这三个组织每天交换数据 日本核酸数据库 第二页，共二十三页。 序列格式常用的几种序列格式: NBRF/PIR FASTA GDE 1. NBRF/PIR Pr序列以” P1” 开头 Nu序列以” N1” 开头 2. FASTA格式 以””为开始标记 3. GDE格式 以”%”为开始标记其中最常用最常见的是FASTA格式第三页，共二十三页。 序列下载1.NCBI简介第四页，共二十三页。 PubMed 书目文献数据All Databases 多结果检索BLAST 序列比对工具OMIM 孟德尔遗传在线 BOOk 在线图书检索TaxBrowser 分类数据库Structure 结构数据库 第五页，共二十三页。 2.序列检索选择检索类型检索信息 (Ac or/and keywords)第六页，共二十三页。 3.检索结果选择核酸类型 点击选中序列第七页，共二十三页。 第八页，共二十三页。 保存序列信息第九页，共二十三页。 比对(一)第十页，共二十三页。 第十一页，共二十三页。 第十二页，共二十三页。 第十三页，共二十三页。 第十四页，共二十三页。 多序列联配 ClustalW第十五页，共二十三页。 Results第十六页，共二十三页。 PC版 clustal W第十七页，共二十三页。 构建系统树 1. 利用Clustal W (EMBL) 分析结果得出。 2. 利用Clustal W 结果文件（后缀为aln）, 利用treeview 、drawview、Phylip等软 件进行视图。 3. 利用meg3.1 等软件进行比对分析。 4. 利用Clustal W 结果文件（后缀为aln） 转化为meg格式，在MEG3.1中进行各 种tree的绘制。第十八页，共二十三页。 进化树类型 进化树无根树有根树建树算法简约法（parsimony）距离法（distance ） 最大可能算法（Maxium likelihood）最小进化法（Minimum Evolution）除权配对法（UPGMA）邻位相连法（Neighbor-Joining）常用建树方法第十九页，共二十三页。 Meg3.1应用 １.Meg3.1 安装２.格式转换　　　将多序列联配结果（aln文　　　　　　　　件）转化成Meg格式３.选择相应的建树序列类型４.选择算法５.置信度检测第二十页，共二十三页。 第二十一页，共二十三页。 Thanks!!第二十二页，共二十三页。 内容总结生物信息学应用基本知识。NBRF/PIR FASTA GDE。1. NBRF/PIR Pr序列以” P1” 开头。Nu序列以” N1” 开头。2. FASTA格式 以””为开始标记。3. GDE格式 以”%”为开始标记。PubMed 书目文献数据。All Databases 多结果检索。TaxBrowser 分类数据库。(Ac or/and keywords)。PC版 clustal W。1. 利用Clustal W (EMBL) 分析结果得出。2. 利用Clustal W 结果文件（后缀为aln）,。Thanks第二十三页，共二十三页。