微生物学教学课件：第十章 微生物的分类和鉴定.pptVIP

16s相似度大于97%，所以做了ＤＮＡ杂交，地狱１０％，确定了新种。 * 形态与基因交叉使用。 真菌的ＳＳＵ肽保守，分不开种。间隔区变化较大； * * 链霉菌有很多，产生抗生素，分离的人很多，产权问题—描述性的区别，结果产生很多链霉菌。 规定：符合确定种的条件，2国保存。文章要提交到IJSB杂志确认才有效。 * 经度纬度的概念是人为规定的，为了便于交流。 以前的规则：没有分离的微生物不能给命名。但是可以通过提供一些信息（如上），列为候选，可以被公认。 * 厌氧氨氧化的2个新种：富集培养后16sRNA与其他已知菌种的差异情况，原位杂交后电镜观察可见其形状、大小等信息。 * * 当时是rRNA，不是DNA，因为当时测序还不容易（没有PCR，测序仪器）；是不同酶打断rRNA片段来比较同源性；不是测序。 病毒因为没有rRNA等，所以不再三域中。 真核里还分为很多界。真核生物不是真核微生物 * 三域解释进化谱系：植物中叶绿体基因序列与蓝细菌的16srRNA核糖体序列类似 线粒体与变形菌门的16srRNA核糖体序列类似 真核生物位于泉古生菌类和广古生菌之间，离泉古生菌更近。 猜测：泉古生菌吸收了一些细菌，进化成真核生物 * 细菌已近接近100个门，被分类体系认可的近30个门。衣原体也是细菌。 * * * 古生菌不都是极端环境中的，海水中也有，全基因组分析后发现区别于泉古生菌和广古生菌，定位奇古生菌门 * * 鉴定手册强调：怎样确定我知道的菌和那个菌接近。系统基于核酸比较，强调核酸-遗传的系统发育。 * :1：古生菌、一般细菌差异较大的菌和光合细菌 4：微生物量少的菌 * 棒状杆菌、假单胞菌、大肠杆菌等等有不同的流程（与指标有关），别人很难对分离的菌鉴定。 * 做比较多指标的分析：碳源、氮源、酶等等。但是选择的项目仍有主观性。 API系统：碳源，产酸，有无某些酶 Biolog：看碳源，数据量更多 * GC比小于5%的菌株，必须通过DNA-DNA杂交来鉴定是否同一个种： 分别提取待鉴定和比较的菌株DNA，打碎后杂交，看杂交结果：相似度高，杂交多： 1）杂交相似度小于70%，确定为不同一个种 2）杂交相似度大于70%，确定为同一个种 * 芽孢杆菌种类比较多，所以要一一杂交，费劲 * 能否找到目标基因（如ｈｏｕｓｅｋｉｎｇ　ｇｅｎｅ）代替全基因组来杂交。 保守区保守，　长度１５００ｎｔ，可以双向测序完成。 * 全基因ＤＮＡ－DNA杂交才是微生物定种的依据，所以要找二者相关性； 小于97%，可以确定是一个新的种。 * 新的属：小于95% 新的种：小于97% 大于97%，要ＤＮＡ杂交：大于７０％，是同一个种；小于７０％，是不同的种。 * 脂肪酸主要在细胞膜上，Ｃ１６－２０的长链，现将酸转化出脂类，以挥发，用气象色谱，峰值 * 根据不同时间出峰，可以给出Ｃ链长度，甚至什么菌 * 太保守，不能区分属种；变化太大，不能定目 * 以前用RNA，现在多用ＤＮＡ * 红色是保守区，在此区设计引物。 未知菌可以直接用通用引物。 * 有些微生物有多拷贝ｒＤＮＡ，之间有差异（达到5%），所以需要先克隆rDNA，挑取几个克隆再测序 * 碱性磷酸酶处理：去掉pi * * 除了16s以外，还要进行其他分析； 分类的目的是便于交流：仅有16s，没有其他分类特点，不便于交流，必须有描述性的特征。 是不是所有的实验都要做？ G染：全基因知道以后，不用G染 * * ? ???? ?? phylogenetic tree? ?? ???? Rhizobium? ??? ?? ??? 97%??? similarity? ???? ?? ? ? ????, 1和2 是本实验分离的菌株； 检测了C、N等等 * 16S rRNA基因的PCR扩增 16S rRNA gene 9F 341F 518F 536R 907F 1100R 1512R 16S rRNA gene Primer 1512R 5’-ACGGCTACCTTGTTACGACTT-3’ Primer 9F 5’-GAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’ amplification Electrophoresis 1.6 Kb 测序: PCR 产物或克隆的基因 纯化 基于PCR的循环测序 341F partial sequence 9F 520F 536R 907F 1100R 1512R full sequence 纯化的PCR产物 16S rRNA基因序列完全一致 不同16S rRNA基因之间 存在序列差异 载体+ 16S rDNAs 克隆 测序 序列分析 用ez-taxon数据库搜索相近序列 选择参考株 Alignment 构建系统发生树 16S rDNA 相似度≤ 97%: 不同的种