生物竞赛生物信息学部分分子进化树.pptxVIP

生物竞赛生物信息学部分分子进化树;这篇文章是作者专门用于反对造物主理论和智能设计论的。;拉马克主义;拉马克主义;达尔文与《进化论》;达尔文主义;达尔文与牛顿谁更牛？;如何研究进化史;如何研究进化史;三种不同的Homologs;三种不同的Homologs;基因平移与网状树;基因平移与网状树;基因平移与网状树;系统发生树;leaf / outer node;系统发生树;系统发生树;通过外类群来确定树根;通过外类群来确定树根; Maximum Parsimony (MP): Closely related sequences, accurate, sequence number 12. Distance (Neighbor Joining, NJ): Distantly/closely related sequences, not very accurate. Maximum Likelihood (ML): Distantly related sequences, very accurate. Bayesian tree. Speed: Distance Maximum Parsimony Maximum Likelihood / Bayesian;建树算法的选择;建树软件的选择;软件; ;用MEGA5建NJ树;将多条FASTA序列导入MEGA;;得到序列比对后，将其存为“.meg”格式。MEGA只能打开meg格式的多序列比对文件。;返回MEGA主页面，“File-Open…”打开保存的meg文件，点击“TA”即可。;;;;进化树的测试方法，可以选择用bootstrap，也可以选择不进行测试。重复次数（replication）通常设定至少要大与100比较好。 Model/Method对于蛋白质序列通常选择“p-distance”。 Partial deletion, cutoff 50%;自检率值Bootstrap;经过一番计算之后（这个过程所耗时间和序列的数量和长短有关），程序就会产生这样一个树。该窗口中有两个属性页，一个原始树，一个是经bootstrap验证过的一致树。树枝上的数字表示bootstrap验证过程中该树枝可信度的百分比。;切换树的显示模式;调整树显示选项，比如Branch栏中，树枝的粗细，字体及字体大小等。;调整树显示选项，比如Tree栏中，可进行树型选择，每种树都可以进行长度、宽度、角度等的设定。;将建好的树保存为图片文件。;感谢观看！