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生物信息学分子系统发育分析第1页/共59页 2本课目录总括多序列比对构建系统树系统发生软件第2页/共59页 3一、总括第3页/共59页 4系统发生学(phylogenetics)亦称系统学,种系发生学,种系发生系统学(phylogenetic systematics)在希腊文中phylon = tribe, race(种系)genesis = birth研究生物群体(如:物种,种群)之间的进化关系第4页/共59页 5相关概念phylogenetic taxonomy(系统发生分类学)是系统学的一个分支根据进化相关度对生物群体分类phylogeny (=phylogenesis系统发生)生物群体的产生和进化分子系统学(molecular phylogenetics)将核酸,氨基酸序列作为进化特征第5页/共59页 6系统发生树(phylogenetic tree)也叫系统树,进化树(evolutionary tree),生命树(tree of life)对物种之间的进化关系的一种描述,这些物种被认为有共同祖先叶,节点关系,时间第6页/共59页 7有根树和无根树有根树(rooted tree)有共同祖先无根树(unrooted tree)树空间(tree space)从已知序列可以产生许多系统树来自几何第7页/共59页 8无根树和有根树的关系(1)从一棵有根树总可以产生一棵无根树而从无根树产生有根树需要额外的数据第8页/共59页 9无根树和有根树的关系(2)一棵无根树可以产生多棵有根树第9页/共59页 10Willi Hennig (1913-1976)德国生物学家,被认为是系统发生学和分类学(cladistics; 也叫cladogram)的奠基人据已知资料来看,他的观点并不是最早被阐述属达尔文学派;类似的观点另一学派的Lamarck和Rosa也有阐述可以认为是系统发生学的集大成者第10页/共59页 11历史上的系统树海克尔(Ernst Haeckel)首次制成了当时所有已知生物的系统树(1834-1919)著名的德国生物学家,哲学家,医生,教授,艺术家创建了重演论(recapitulation theory)命名了许多生物学术语(如:门,系统发生,生态学,原生生物)和几千物种出版了著名的Kunstformen der Natur (Artforms of Nature)第11页/共59页 12可能是最早的系统树C. Darwin,1837第12页/共59页 13特征选取的变迁经典系统发生学主要是比较大的物理或表型特征如生物体的大小,颜色,牙齿个数,行为特征缺点: 不易量化(连续), 难以选取合适特征现代系统发生学分子水平: 核酸或氨基酸序列优点: 易量化(离散),易获取,适于自动化,更本质例子: (现代人起源) 通过对线粒体DNA的研究,认为所有现代人都是一个非洲女性的后代(“夏娃”)第13页/共59页 14系统发生学研究方法目的在树空间中寻找正确的系统树分析步骤多(重)序列比对(multiple sequence alignment, MSA)构建系统树评价结果第14页/共59页 15三种构建系统树中使用的搜索算法穷尽法搜索整个空间(所有可能的树),然后根据评价标准选择一棵最优的树分支约束方法根据一定的约束条件将搜索空间限制在一定范围内启发式或经验性方法(heuristic)根据目前的搜索情况指导下一步的搜索方向根据先验知识或一定的指导性规则压缩搜索空间第15页/共59页 16两类数据: 距离和离散特征距离描述序列之间的差别 (遗传距离)一般用距离矩阵(distance matrix)表示距离往往由序列比对产生(如错配的比例)离散特征二态特征 (如: DNA序列上的某个位点是否剪切位点)多态特征 (如: 某一位点可能的碱基有A,T,G,C)第16页/共59页 17两大类构建系统树的算法基于距离的构建方法 (distance-matrix methods)邻近归并法 (或称邻接法,neighbor-joining)非加权组平均法 (UPGMA)Fitch-Margoliash法 最小进化方法基于离散特征的构建方法最大简约法 (MP)进化简约法 (EP)最大似然法 (ML)相容性方法 第17页/共59页 18注意: 系统树的限制有人认为生物的系统关系不一定是树状的系统树不一定代表进化历史有很多干扰分析的因素噪音(noisy)水平基因转移(horizontal gene transfer;网状)杂交,重组等 (网状)用不同基因或蛋白产生的树往往不同已经灭绝的物种只能作为叶节点第18页/共59页 19二、多序列比对第19页/共59页 20例子多物种核糖体Rplp0蛋白比对ClustalW生成(颜色表示氨基酸保守性)第20页/共59页