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简明生物教程蛋白质化学;蛋白质三维结构; 研究蛋白质结晶体： （一）X射线衍射法;紫外差光谱 荧光和荧光偏振 圆二色性 核磁共振;1、影响蛋白质三维结构的因素 内力（内因） 蛋白质分子内各原子间作用力 外力（外因） 与溶剂及其他溶质作用力 ;2、蛋白质分子内部的作用 ;;（１)氢键( Hydrogen bond );（２)范德华力 (van der Waals force ) ;（３）疏水作用 ( Hydrophobic Interactions) ;（４)离子键 ( Electrostatic attraction ); （5）二硫键 (Disulfide Bond) 由含硫氨基酸形成 起稳定肽链空间结构的作用 二硫键被破坏，蛋白质生物活性丧失;（6）配位键 (Metal-ion Coordination) 两个原子之间形成的共价键 共用电子对由其中一个原子提供 金属离子与蛋白质的结合方式 例如：铁氧还蛋白;（7）酯键 (Ester Bond) Ser/Thr的羟基与AA的羧基形成酯键 磷酸与含羟基AA缩合形成磷酸酯键;四、二级结构（Secondary Structure）;（一）?-螺旋 （?-helix）;;（1）α螺旋的手性 左/右手螺旋都由L-AA残基构成 ——不是对映体 右手α螺旋空间位阻较小，构象稳定在肽链折叠中容易形成，天然蛋白质中大多右手螺旋。 （2）有一定的“弹性”,可伸展。 ;一种肽链相当伸展的结构。 由两/多条几乎完全伸展的肽链按层平行排列，通过链间C=O与N-H的氢键交联而形成,维持稳定。 相邻的肽链可以是平行的，也可以是反平行的。 ;平行的：是所有肽链的N端都处于同一端，是同方向的，如β-角蛋白。 反平行的：是肽链的N端一顺一倒地排列着，如丝心蛋白。 从能量角度来考虑，反平行结构更为稳定。 ;平行式：所有肽链的N-端都在同一边 反平行式：相邻两条肽链的方向相反;第22页/共118页;第23页/共118页; C?总是处于折叠的角上 AA的R基团处于折叠的棱角上并与之垂直 两个AA之间的轴心距为0.35nm（0.15 nm ）;氢键主要在链间/同一肽链不同部分间形成 几乎所有肽键都参与氢键的交联 氢键与链的长轴接近垂直;平行肽链间以氢键从侧面连接的构象;（三） ?-转角;说明： 甘氨酸残基侧链为氢原子，适合于充当多肽链大幅度转向的成员。 脯氨酸残基的环状侧链的固定取向有利于多肽链β-转角??形成，它往往出现在转角部位。 ; O ……（ 氢 键 ）……… H —C—（NH—CH—CO）2—N— R ;比较稳定的环状结构; ——泛指不能归入明确的二级结构 没有一定规律的松散肽链结构。 如折叠片和螺旋的多肽片断。;说明：不同蛋白质的二级结构不同，有的相差很大。 肌红蛋白分子的肽链中约有75%是α-螺旋结构 α-角蛋白几乎全是α-螺旋结构， 蚕丝丝心蛋白几乎全是β-折叠结构。 ;五、 超二级结构与结构域;第34页/共118页;第35页/共118页;第36页/共118页;第37页/共118页;第38页/共118页;第39页/共118页;第40页/共118页;第41页/共118页;第42页/共118页;（二）结构域 二级/超二级结构基础上形成的特定区域 结构域存在的原因： 1、局域分别折叠比整条肽链折叠 在动力学上更为合理 2、结构域之间由肽链连接， 有利于结构的调整 ;六、球状蛋白质与三级结构; 蛋白质的三级结构 三级结构，指多肽链在二级结构的基础上通过侧链基团的相互作用进一步卷曲折叠，并借助于次级键维系使α-螺旋、β-叠片、β-转角等二级结构相互配置而形成的特定的构象。 三级结构的形成使肽链中所有的原子都达到空间上的重新排布，使原来在一级结构的顺序排列上相距甚远的氨基酸残基可能在特定区域内彼此靠近。;; 例如，核糖核酸酶S由124个氨基酸残基组成。 这些多肽链折叠形成3个α-螺旋、5个β-折叠片以及一些β-转角和无规则卷曲，这些二级结构再组合形成近似卵圆形的结构。其表面有一个凹陷，构成该酶活性中心的3个氨基酸残基（His12，Lys41, 和His119)集中于这个凹陷内. ;第48页/共118页; 肌红蛋白是哺乳动物肌肉中储氧的蛋白质。它是由一个多肽链和一个血红素辅基构成的，相对分子质量为16700，含153个氨基酸残基。 ;第50页/共118页;蛋白质四级结构 (Quaternary Structure）;说明：各个亚基具备三级结构，但当它们单独存在时，通常不表现生