罗汉果全基因组Survey分析.docxVIP

广 西 植 物 Guihaia Dec. 2015 , 35(6) :786 - 791 http://journal．gxzw．gxib．cn ( 1. InstituteofMedicinalPlantDevelopment ( 1. InstituteofMedicinalPlantDevelopment, ChineseAcademyofMedicalSciences, Beijing100193 , China; ,,明CtvrJre5 (2709115 , 35(6) :786- 791 罗汉果全基因组 Survey分析 唐 其2 ,3 , 马小军1 ?, 莫长明3 , 潘丽梅3 , 韦荣昌3 , 赵 ( 1 . 中国医学科学院 药用植物研究所 , 北京 100193; 2. 湖南农业大学 园艺园林 欢1 学院 , 长沙 410128; 3. 广西药用植物园 , 南宁 530023) 摘 要 : 罗汉果是广西特有药用及甜料植物 ,其主要成分之一甜苷 V作为天然、非糖甜味剂 ,具有广阔的开发 前景 ,但罗汉果目前完全来自于栽培 ,适生区狭窄 ,连作障碍严重 ,加之含量低导致 甜 苷 V生 产 成 本 居 高 不 下 ,严重限制了其应用 . 为了减少盲目性 ,在大规模全基因组深度测序之前 ,先做低覆盖度的基因组 Survey 测序 ,评价基因组的大小及复杂程度 ,以确定适合该植物全基因组的测序研究策略 . 该研究采用第二 代高通 量测序技术(Illumina HiseqTM 2000)首次测定了罗汉果基因组大小 ,并利用生物信息学方法估计罗汉果杂合 率、重复序列和 GC含量等基因组信息 . 结果表明 :(1)获得了 18. 1Gb罗汉果基因组测序数据 ,基因组大小估 1.5% ,基因组高杂合导致组装的结果中 ContigN50 和 ScaffoldN50 的长度比预期的要短很多 ,还造成 GC平 均深度及含量分布明显异常 1.5% ,基因组高杂合导致组装的结果中 ContigN50 和 ScaffoldN50 的长度比预期的要短很多 ,还造成 GC平 均深度及含量分布明显异常 ,存在一个低深度分布区域 . 基因组主峰后面有微弱的重复峰 ,说明罗汉果存在 较多的重复序列 ;(3) 由于罗汉果存在高杂合率和重复序列较多的特点 ,该基因组测序分析仅采用全基因组鸟 枪法(WGS)策略不合适 ,为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装 ,可尝试结合采用 FosmidG toG Fosmid或 子育种来提高甜苷 V含量和降低生产成本具有重要意义 ,为全基因组测序策略的选择提供了依据 .BACGtoG BAC策略 . 该研究结果对于揭示罗汉果产量、 子育种来提高甜苷 V含量和降低生产成本具有重要意义 ,为全基因组测序策略的选择提供了依据 . 关键词 : 罗汉果 ; 基因组测序 ; 杂合率; GC含量 ; 鸟枪法测序策略 中图分类号 : Q943.2 文献标识码 : A 文章编号 : 1000G3142(2015)06G0786G06 GenomesurveyanalysisinSiraitiagrosvenori PAN LiG Mei3 , WEIRongG Chang3 , ZHAO Huan1TANG Qi2,3 , PAN LiG Mei3 , WEIRongG Chang3 , ZHAO Huan1 2. HorticultrueandLandscapeCollege, HunanAgriculturalUniversity, Changsha410128 , China; 3. GuangxiBotanicalGardenofMedicinalPlants, Nanning530023 , China) Abstract: Siraitiagrosvenori(Luohanguo) isaherbaceousperennialmedicinaland sweetenerplantnativeinGuanG gxiofChina．Ithaslongbeen usedin traditionalChinesemedicineasanaturalsweetenerand also asafolk medicine forthetreatmentoflungcongestion, coldsandsorethroats．ManycucurbitaneG typetriterpeneglycosideshavebeeniG solated and characterizedfrom S．grosvenori．Theactive components resp