SN_T 4877.11-2017基因条形码筛查方法 第11部分：检疫性异株苋亚属.pdf

SN中华人民共和国出入境检验检疫行业标准SN/T 4877.11—2017基因条形码筛查方法第11部分：检疫性异株苋亚属DNA barcoding screening method-Part 11 :Quarantine Subgen.Acnida L2017-11-07 发布2018-06-01实施中华人民共和国发布国家质量监督检验检疫总局0O刮涂层查真伪 SN/T 4877.11—2017前言SN/T4877《基因条形码筛查方法》共分为11个部分：第1部分：检疫性棒形杆菌；第2部分：检疫性黄单胞菌；第3部分：检疫性植原体；第4部分：检疫性茎点霉；第5部分：检疫性拟茎点霉；-第6部分：检疫性嗜酸菌;第？部分：检疫性轮枝菌，第8部分：检疫性炭疽菌；第9部分：检疫性腥黑粉菌；第10部分：检疫性疫霉；第11部分：检疫性异株亚属。本部分为SN/T4877的第11部分。本部分按照GB/T1.1-2009给出的规则起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。本部分由国家认证认可监督管理委员会提出并归口。本部分起草单位：中国检验检疫科学研究院、中国环境科学研究院、中华人民共和国上海出人境检验检疫局、中华人民共和国宁波出入境检验检疫局。本部分起草人：宋云、徐晗、刘勇波、印丽萍、傅怡宁、徐瑛。 SN/T 4877.11—2017基因条形码筛查方法第11部分：检疫性异株苋亚属1范围SN/T 4877的本部分规定了检疫性异株苋亚属杂草DNA条形码筛查方法中DNA提取、基因序列的扩增、分析及结果判定等。本部分适用于检疫性异株苋亚属的长芒苋、糙果苋、西部苋的筛查。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单)适用于本文件。SN/T 3710异株苋亚属检疫鉴定方法3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1DNA 条形码DNA barcode生物体内能够代表该物种的,标准的、有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段。3.2ITS gene; internal transcribed spacer geneITS 基因真核生物核糖体 DNA 上的内转录间隔区,位于 18S和 26S rDNA基因之间的一段序列，具有高度的保守性和特异性，广泛应用于被子植物属、种水平的分类与鉴定。3.3单核苷酸多态性 SNP single nucleotide polymorphism在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。这种变异可由单个碱基的转换或颠换所引起，也可由碱基的插人或缺失所致。3.4NJ 树 NJ tree基于某个基因序列进行系统进化分析,根据 NJ(Neighbor-Joining)算法，通过碱基的变化和差异构建的进化树。4异株苋亚属的基本信息学名:Subgen.Acnida L.分类地位：植物界（Plantae），被子植物门（Angiospermae），双子叶植物纲（Actinobacteria），石竹目(Actinomycetales),苋科(Amaranthaceae)，属（Amaranthus)i SN/T 4877.11--2017苋属分为苋亚属、白苋亚属和异株苋亚属，共有70余种。异株苋亚属中有3种列为进境植物检疫性有害生物：长芒觉 Amaranthus palmeri S.Watson糙果苋 Amaranthus tuberculatus (Moq.)Sauer西部苋 Amaranthus rudisJ.D.Sauer5　方法原理根据ITS序列确定目标杂草是否为长芒苋，然后根据SNP标记设计特异性引物分析确定目标杂草为糙果苋和西部。6仪器设备和主要试剂6.1仪器设备生物安全柜、高压灭菌锅、生化培养箱、离心机、核酸蛋白检测仪、PCR仪、电泳设备、凝胶成像系统等。6.2主要试剂植物组织DNA提取试剂盒、限制性内切酶、PCR Premix、超纯水、DNA marker。7筛查鉴定方法7.1 DNA 制备用植物组织（叶片、种子等）提取DNA，采用商品化植物DNA提取试剂盒制备植物总DNA，测定DNA浓度及纯度后，保存至一20℃冰箱备用。本部分所用实验材料均按照SN/T3710复核鉴定。7.2ITS 序列扩增测序利用通用引物进行ITS序列扩增（见附录 A）。将序列在Genbank数据库或中国检疫性有害生物DNA条形码数据库中进行比对，若与数据库中异株苋亚属ITS序列相似性大于 97%，则进行 7.3操作。7.3序列分析3种检疫性异株苋亚属的 ITS基因参考序列参见附录 B。将 ITS基因序列在中国检疫性有害生物DNA条形码数据库比对分析，采用邻接法构建基于 ITS基因序列的 NJ树。