基因组研究功能基因分析.pptVIP

* MEGA5可以识别fasta格式文件 将 重命名为 17-RNASE1.fasta 建树软件-mega 当前第31页\共有82页\编于星期三\2点 * 当前第32页\共有82页\编于星期三\2点 * ClustalW参数设置 当前第33页\共有82页\编于星期三\2点 * 多序列联配后结果 当前第34页\共有82页\编于星期三\2点 * 以.meg格式保存结果 当前第35页\共有82页\编于星期三\2点 * 回到MEGA主窗口 打开所保存的文件（.meg） 当前第36页\共有82页\编于星期三\2点 * 点击按钮打开文件窗口 当前第37页\共有82页\编于星期三\2点 * 显示保守位点 显示变异位点 当前第38页\共有82页\编于星期三\2点 * 回到MEGA主窗口构建进化树 当前打开的文件 选择邻接法建树 当前第39页\共有82页\编于星期三\2点 * 选择Bootstrap检验 当前第40页\共有82页\编于星期三\2点 * 当前第41页\共有82页\编于星期三\2点 * 蛋白质二级结构预测 当前第42页\共有82页\编于星期三\2点 * 蛋白质结构为什么如此重要的？ 氨基酸序列只有折叠成特定的空间结构才具有相应的活性和相应的生物学功能 DNA 序列 蛋白质序列 蛋白质结构 转录翻译 折叠 当前第43页\共有82页\编于星期三\2点 * 为什么要研究蛋白质结构? 生物体中许多重要的功能由蛋白质完成 分析蛋白质结构、功能及其关系是蛋白质组计划中的一个重要组成部分 分析蛋白质结构有助于药物设计研究 有助于了解蛋白质相互作用，这对于生物学、医学和药学都是非常重要 当前第44页\共有82页\编于星期三\2点 * 蛋白质二级结构 α-helix (30-35%)α-螺旋 β-sheet / β-strand (20-25%)β-折叠 Coil (40-50%) 无规则卷曲 Loop 环 β-turn β-转角 当前第45页\共有82页\编于星期三\2点 * * 蛋白质3D 结构 α螺旋 Β折叠 环或转角 转角或卷曲 当前第46页\共有82页\编于星期三\2点 * 当前第47页\共有82页\编于星期三\2点 * JPred预测结果 α螺旋 β折叠 当前第48页\共有82页\编于星期三\2点 * 二级结构预测网站 PHD JPRED pbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/ PSIPRED NNPREDICT /~nomi/nnpredict.html Chou and Fassman 当前第49页\共有82页\编于星期三\2点 * 预测蛋白质的理化性质 当前第50页\共有82页\编于星期三\2点 * 部分预测工具 Compute pI/Mw(ExPASy) 计算蛋白序列的等电点和分子量 TGREASE 计算蛋白质序列疏水性工具 TMHMM 蛋白质跨膜区预测 More… 当前第51页\共有82页\编于星期三\2点 * 等电点，分子量预测工具 当前第52页\共有82页\编于星期三\2点 * 当前第53页\共有82页\编于星期三\2点 * 当前第54页\共有82页\编于星期三\2点 * TGREASE疏水性参数 高正值的氨基酸具有更大的疏水性而低负值的氨基酸具有更强的亲水性 当前第55页\共有82页\编于星期三\2点 * 当前第56页\共有82页\编于星期三\2点 * 蛋白质跨膜区预测(TMHMM) 当前第57页\共有82页\编于星期三\2点 * 当前第58页\共有82页\编于星期三\2点 * * 梅艳珍 南京师范大学生命科学学院 基因组学研究——功能基因分析 现代生物学实验技术 当前第1页\共有82页\编于星期三\2点 * 要求： 掌握常用的序列比对工具 能构建进化树 能够预测蛋白质的二级结构、疏水区、跨膜区等 能够进行简单的同源建模分析 了解KEGG数据库的检索 当前第2页\共有82页\编于星期三\2点 * 序列比对——BLAST应用 当前第3页\共有82页\编于星期三\2点 * 同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论，属于质的判断。 A和B的关系上，是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。 相似性(similarity)： 是指一种直接的数量关系，如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。 生物序列的同源性 序列间相似性越高，它们是同源序列的可能性就更高 当前第4页\共有82页\编于星期三\2点 * Blast程序评价序列相似性的两个数据 Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这