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蛋白质序列分析 第1页 蛋白质序列分析 教材 Page 84~96 蛋白质序列分析 教材 Page 138~152 生物大分子构造数据浏览（RasMol 软件） 教材 Page 175~184 蛋白质构造同源模建 下次课上机实习 第2页 蛋白质序列分析主要内容 蛋白质序列检索 蛋白质序列比对 蛋白质基本性质分析 蛋白质功能预测 蛋白质构造预测 蛋白质分子进化分析 蛋白质分子设计（例如药品设计） 蛋白质组学分析 数据库＋软件 第3页 蛋白质序列分析 1、蛋白质序列检索 2、蛋白质序列比对 3、蛋白质基本性质分析 4、蛋白质功能预测 5、蛋白质构造预测 第4页 （一）、蛋白质序列检索 蛋白质序列分析举例： 家蝇抗菌肽（antimicrobial peptide）研究 假设核酸序列检索没有发觉家蝇defensin编码序列。 由于家蝇属于双翅目（Diptera）昆虫，我们能够通过NCBI蛋白质序列检索, 寻找多种昆虫防御素氨基酸序列, 尤其是双翅目昆虫防御素氨基酸序列。 然后进行氨基酸序列多序列比对, 找出昆虫防御素保守区域, 根据保守氨基酸序列,设计简并引物，然后尝试从家蝇总RNA中反转录（RT-PCR）扩增目标基因片段。 第5页 Protein defensin diptera 第6页 All: 242 点击索引号链接便可得到有关 蛋白序列，例如我从中选用了 十条（按蚊、伊蚊、果蝇等）。 第7页 蛋白质序列分析 1、蛋白质序列检索 2、蛋白质序列比对 3、蛋白质基本性质分析 4、蛋白质功能预测 5、蛋白质构造预测 第8页 （二）、蛋白质序列比对 昆虫（双翅目）防御素多序列比对 接下来，我们利用综合性序列分析软件（例如DNAMAN）对这10条昆虫defensin 序列进行多序列比对，找出它们保守氨基酸序列。 第9页 多序列比对 第10页 文献 文献夹 通道 第11页 第12页 第13页 第14页 第15页 第16页 多序列比对成果 第17页 第18页 KRATCD KAVCVC 昆虫防御素保守区域 第19页 （二）、蛋白质序列比对 至此，通过昆虫defensin 序列多序列比对，我们找出了它们保守氨基酸序列。 下一步，我们能够根据昆虫defensin保守氨基酸序列设计简并引物。即，根据KRATCD序列设计上游引物，根据KAVCVC序列设计下游引物。 第20页 蛋白质序列分析 1、蛋白质序列检索 2、蛋白质序列比对 3、蛋白质基本性质分析 4、蛋白质功能预测 5、蛋白质构造预测 第21页 （三）、蛋白质基本性质分析 蛋白质序列基本性质分析是蛋白质序列分析 基本方面，一般包括： 蛋白质氨基酸组成 分子量 等电点（pI） 亲疏水性分析 跨膜辨别析 信号肽分析 第22页 （三）、蛋白质基本性质分析 假如，我们根据家蝇defensin基因cDNA序列设计一对特异引物，已经成功地从家蝇总RNA中反转录PCR扩增出目标基因片段并测序。 下一步，我们不但要对我们取得defensin核酸序列进行生物信息学分析。也要对其推导氨基酸序列进行分析。 第23页 （三）、蛋白质基本性质分析 蛋白质序列基本性质分析是蛋白质序列分析 基本方面，一般包括： 蛋白质氨基酸组成 分子量 等电点（pI） 亲疏水性分析 跨膜辨别析 信号肽分析 第24页 1、氨基酸组成、分子量、等电点等基本理化性质 假如我们测序得到一条家蝇defensin核酸序列。 首先，我们通过NCBIORF Finder来确认一下它蛋白编码区以及它所编码氨基酸序列。 然后对这个理论推导家蝇defensin氨基酸序列进行分析。 第25页 利用NCBIORF Finder 来查找ORF All Resources （A-Z） 第26页 第27页 ORF Finder 第28页 家蝇defensin cDNA序列 Genetic codes 选项： 默以为Standard 另提供15种物种 及线粒体密码子 第29页 BLAST 找到4个ORF 其中最长ORF为 282bp（1～281） 第30页 MKYFTIVAVF LAVAVCYISQ SSASPAPNEE ANFVHGAD ALKQLEPEL HGRYKRATC DLLSGTGVGH SACAAHCLLR GNRGGYCNG KGVCVCRN 第31页 1、氨基酸组成、分子量、等电点等基本理化性质 能够利用综合性序列分析软件（如DNAMAN）来分析蛋白质基本理化性质。 另外也有许多在线程序可资利用。 第32页 载入上述93aa家蝇 defensin氨基酸序列 序列组分属性 第33页 MW=9844.4 Predicted pI=8.29 氨基酸组成列表