微生物组生物合成基因簇发掘方法及应用前景.pdfVIP

Synthetic Biology Journal 2023 ，4 （3）：611-627 | 2023 年 第 4 卷 第 3 期 www . 特约评述 DOI: 10. 12211/2096-8280.2022-075 微生物组生物合成基因簇发掘方法及应用前景 赖奇龙，姚帅，查毓国，白虹，宁康 （华中科技大学生命科学与技术学院，分子生物物理教育部重点实验室，生物信息与分子成像湖北省重点实验室，人工智能 生物学研究中心，生物信息与系统生物学系，湖北 武汉 430074） 摘要：生物合成基因簇 （biosynthetic gene cluster ， BGC ）是一类非常重要的基因集合 （gene set ）类型 。BGC 普遍 存在于各类生物基因组中 ，并且发挥着重要的代谢和调控作用 。从线性结构上来说 ，一个 BGC 中的基因通常在基 因组中处于相邻的位置 ；从基因功能上来说 ，一个 BGC 中的基因通常共同负责一类通路 ，生成特定的化合物小分 子 。因此 ，BGC 作为极具潜力的元件来源 ，在合成生物学研究中极为重要 。然而从序列模式上来说 ，一个 BGC 中 的基因数量众多且序列差异度大 ，很难通过序列同源性发掘新类型的 BGC 。因此 ，建立生物合成基因簇的智能发 掘策略 ，系统性地发掘 BGC 并进行验证和转化研究 ，不论在理论方面还是实际应用方面 ，都具有非常重要的价 值 。本文主要基于微生物组大数据 ，较全面地介绍了 BGC 挖掘的意义和瓶颈问题 ，系统性地总结了当前 BGC 发 掘中的数据资源和挖掘方法 ，尤其是人工智能方法 ，指出了干湿结合方法对于验证新发掘 BGC 的重要价值 ，同时 展示了新发掘 BGC 的多样性和广泛应用领域 。最后 ，展望了结合现有 BGC 挖掘方法和合成生物学转化 ，将如何 在广度和宽度方面扩展目前的合成生物学研究 。 关键词：生物合成基因簇 ；人工智能 ；合成生物学 ；微生物组 中图分类号：Q93 文献标志码：A Microbiome-based biosynthetic gene cluster data mining techniques and application potentials LAI Qilong ，YAO Shuai ，ZHA Yuguo ，BAI Hong ，NING Kang （Key Laboratory of Molecular Biophy sics of the Ministry of Education ， Hubei Key Laboratory of Bioinformatics and Molecular - imaging ， Center of Artificial Intellig ence Biology ， Dep artment of Bioinformatics and Sy stems Biology ， Colleg e of Life Science and Technology ， Huazhong University of Science and Technology ， Wuhan 430074 ， Hubei ， China ） Abstract: Biosynthetic gene cluster (BGC) is an important type of gene set, which is commonly found in the genomes of various organisms, and plays important metabolic and regulatory roles. In terms of linear gene structure, the set of genes i