宏基因组技术在微生物中的应用（34页）.pdf

宏宏单基基击此因因组组处技编技辑术术母在在 微微生生版物物标题中中样的的应式应用用 单 击此处编辑母版副标 题样式 · 4 31 31182 1 ·1.宏基因组概述 ·2.环境宏基因组学基本技术 ·3.环境宏基因组学技术的主要瓶颈 2• 11..宏宏基基因因组组概概述述 1.1.微生物资源开发应用的新途径 · 据估计每克土壤样品 可含有高达4,000种的不同微生物， 77 1g土壤就包含6.1×10个基因。 · 传统途径—培养途径 开发环境微生物基因资源较为传统的研究途径是:分离微生物, 获得纯培养,基因表达产物活性检测、活性物质的分离纯化直 至开发利用。这一途径被证明是十分有效的,也获得了诸多有 应用价值的活性物质。但是,环境 仅有0.1%~1%的微生物 能够采用现有培养技术进行分离培养,在今天采用传统培养方 法已很难发现新的活性物质,极大地限制了未培养微生物基因 资源的开发利用。 3• ·新途径—宏基因组途径 近年来发展起来的宏基因组克隆技术,直接提 取环境样品核酸 行遗传操作,避开了微生物 分离培养问题,极大地扩展了微生物资源的利 用空间。已在土壤生态环境、海洋生态环境 和各种极端环境中开展应用。 4• 5• 1.2.宏基因组定义 · “1998年Handelsman等首次提出宏基因组 的概念。 种以环境样品中的微生物群体基 因组为研究对象,以功能基因筛选和测序分析 为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进 化关系、功能活性、相互协作关系、及与环 境之间的关系为研究目的的新的微生物研究 方法。 6• ·宏基因组文库既包括了可培养的,又包括了未培养的 微生物遗传信息,因此增加了获得新生物 性物质的 机会。 ·采用构建宏基因组文库的策略筛选新的基因资源及 其表达 性产物的一般流程可以归纳为:样品和基因 (组)的富集;提取特定环境中的基因组DNA或mRNA; 构建宏基因组DNA或cDNA文库;筛选目的基因;目的 基因 性产物表达。 7• 图2 8• 9• 2.环境宏基因组学基本技术 ·环境宏基因组学研究的基本思路是直接提取环境中 所有微生物的基因组DN ,克隆到合适的载体,通过 构建宏基因组文库,将环境中全部微生物的核酸信息 收集在一起,运用序列筛选或功能筛选方式从文库中 获得有用的酶、抗生素等生物活性物质及相关基因。 ·其前端关键性技术是环境DN (environmental DN ,eDN )的提取,eDN 提取方法的精确程度将直 接决定文库中微生物信息的精确度;下游关键性技术 是文库的分析与筛选技术。 •10