应用第二代高通量测序技术研究哺乳动物转录组以及转录调控机制的中期报告.docxVIP

应用第二代高通量测序技术研究哺乳动物转录组以及转录调控机制的中期报告 本项目旨在利用目前最新的第二代高通量测序技术（如RNA-seq）对哺乳动物转录组进行研究，并深入探究转录调控机制。本次报告为研究中期报告，介绍了研究的主要进展和结果。 1. 研究进展 本研究的主要目标是利用RNA-seq技术对小鼠转录组进行分析，并从中发现新的转录本、基因表达调控机制等。在实验中，我们采用两组小鼠分别为高脂饮食组和正常饮食组，分别进行RNA-seq测序，得到了大量的转录组数据。 在对RNA-seq数据的分析过程中，我们首先进行了数据质量控制和预处理，包括去除低质量序列、去除低比对率的序列等。接下来，我们利用Hisat2和StringTie软件将测序的数据比对到小鼠基因组上，并进行新的转录本发现和基因差异表达分析。我们发现高脂饮食组和正常饮食组之间有大量的差异表达基因，同时也发现了很多新的转录本和已知基因的表达变化情况。 除此之外，我们还对RNA-seq数据进行了Gene Ontology（GO）和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）富集分析，从而挖掘出一些与高脂饮食相关的生物过程和代谢通路。这些结果为我们深入研究哺乳动物基因表达调控机制提供了重要的线索。 2. 研究结果 通过对RNA-seq数据进行处理和分析，我们得到了以下研究结果： （1）在小鼠转录组中发现了很多新的转录本，包括新的外显子、内含子等。这些新的转录本为我们更好地理解哺乳动物的基因表达及调控机制提供了新的信息。 （2）高脂饮食组与正常饮食组之间存在大量的差异表达基因，包括转录因子、代谢酶、信号传导分子等。这些基因可能会参与到哺乳动物的代谢过程、能量调控等方面。 （3）通过GO和KEGG富集分析，我们发现了一些与高脂饮食相关的生物过程和代谢通路，包括脂质代谢、炎症反应等。这些结果为我们深入探讨高脂饮食对哺乳动物的影响提供了重要的线索。 总之，本研究在分析小鼠转录组和转录调控机制方面取得了一定的进展，并为我们更好地理解哺乳动物的基因表达及调控机制提供了新的信息和思路。