Bioedit使用说明书(最新整理版).pptxVIP

综合序列分析软件 BioEdit;BioEdit简介;序列的常规操作：;BLAST 本地使用BLAST o创建本地数据库 o本地BLAST 搜寻 BLAST INTERNET 客户端程序 ClustalW 进化分析 使用互联网工具 HTML BLAST 网络浏览器 PSI-BLAST nnPredict …;主要内容;一、绘制质粒图（Plasmind drawing）;;1.Restriction sites:(限制性位点);想要显示图谱中的限制性内切酶，从右边 (“Dont Show ”中)选择任何想要的酶，用 按钮将它们移动到左边。按下“Apply Close ”时，这个位 点就会增加到图谱中。指定的酶如果只有一个酶切位 点,就会在酶切位点上出现一个“U ”。如果没有“U”，将会显示第一个酶切位点。想要移动图谱中酶的位置，在“Show ”中增加选择的酶的亮度，按下 按钮将它 们移动另一边。;2.Positional marks (位置标记):;3.Features (特征):;4.General Vector properties;可以通过指定起点和末端位置，来增加多接头按钮。多接头显示为“Courier New ”字体。 在这个对话框中，特征可以被编辑、增加或者删除。想要编辑或删除一个现存的特征，在“Features”下拉式菜单中选择特征，并点击合适的按钮。点击 “Add New” 按钮，可以增加一个新的特征。 现在只有一个圆形、单链质粒是有效的。在以后的版本中中将会改进。 “Font”按钮改变指示的默认字体。特征标记的字体将可以单独改变，但是位置标记不能单独改变。;二、Restriction Maps(限制性内切酶图);;2.BioEdit: 点亮你想要图谱的序列标题，从“Sequence” 菜单选择“Restriction Map” 。 以下选项将会显示在一个界面窗口：;显示图谱：显示或省略序列的全图谱,互补链显示每个酶的酶切位点.默认值：yes —按照字母顺序排列名称：显示关于所有内切酶、它们的识别序列、切割频率和所有位置(5’末端开始是1) 的列表.默认值：yes —位置数：关于酶切位点的列表.默认值：no —唯一位点列表：在全部序列中只有一个酶切位点的内切酶列表.默认值：no —切割5次或更少的酶 .默认值：yes —频率汇总表：关于所有正确选择的内切酶和它们切割序列的次数。默认值：no —不能切割的内切酶。默认值：yes 4-碱基内切酶： 想要包括这些酶,必须点击这个选项.默认值：no (不包括本身) 5-碱基内切酶：与4-base cutters相同. —非严格识别序列的酶：有时你可排除它们.默认值：yes —大的识别位点：通常用于克隆,只有共同的6-碱基识别酶被使用. —同裂酶：若只显示一个特殊识别位点的一个内切酶,不选(默认值=不选择). —翻 译 ：显示沿着排列中的序列翻译(5’端到3’端的由左到右的翻译) —互补翻译 ：互补链的翻译方向相反. —编号方式 ：是酶切位点的核酸的号码,而不是识别位点的起点.;3.Restriction Enzyme Browser (限制性内切酶浏览器);在这个例子中，所有来源于Stratagene的限制性内切酶显示在左边的列表中，KpnI的亮度增加。KpnI的识 别序列显示在顶端，同裂酶显示在它的下方，其他提 供KpnI的公司显示在同裂酶的下方。BioEdit使用 ReBase提供的gcgenz表，限制性内切酶数据在万维网 的地址是：/rebase/ 。可以从 ReBase 下载最新的gcgenz 表，将其命名为 “enzyme.tab”， 并且替代在BioEdit安装文件夹中 “tables ”目录下的旧文件。 注意：表必须是gcgenz格式的。你可以从tables文件夹中打开“enzyme.tab ”文件查看格式，或者查看 “Restriction Maps ”。限制性内切酶表格文件名必须是“enzyme.tab ”，而且必须在BioEdit的“tables ”文件夹里。;1.氨基酸的组成 从“Sequence” 菜单下进入“Protein”, 再进入 “amina acid composition”, 可对序列的氨基酸组成分析，结果以摘要和图例的形式给出。 图例中的柱形条表示每种氨基酸在序列中的摩尔比，如下图：;以RGDV的minor outer capsid protein－AAS66885为例：;2.熵图;3.疏水性轮廓(profile);4.瞬间疏水性轮廓(hydrophobic moment profile);5.平均瞬间疏水性轮廓;6.在联配中搜寻保守区;BioEdit version 5.0.9 Conserved region searc