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糖基转移酶的研究进展 从病毒到高等真核生物，糖基化反应是生物中最重要的转化反应。许多生物产物合成的最后一步也是非常重要的一步。它通常是糖基化，糖基转移酶（gtec2.4.x.y）是一个专门负责糖基化反应的酶类。这些物质从糖基的供体转移到糖基的受体，并形成糖苷键。产物包括独特的糖、多糖、各种糖（糖蛋白、糖脂）和各种糖苷化合物（如花色糖、黄酮糖苷、丙醇糖苷等）。作为糖基供体的化合物种类很多,包括二糖或多糖、1-磷酸糖、核苷-2-磷酸糖、尿苷二磷酸葡萄糖醛酸,而最主要的是核苷酸糖(nucleotide sugar),如UDP-葡萄糖、UDP-半乳糖、UDP-鼠李糖、UDP-木糖和UDP-葡萄糖醛酸。糖基受体可以是糖类化合物也可以是非糖类化合物,种类则更多。另外糖基转移反应所产生的糖苷键也有差异,主要包括α和β两种键型。要识别不同的受体、供体以及形成不同的糖苷键,生物体内势必含有大量的糖基转移酶,而事实也正好如此,通过全基因组数据就已经发现,真核生物基因组里有大概1%的基因编码糖基转移酶。 在植物中,糖基转移酶作用底物广泛,具有多种功能和生物活性。糖基化能产生级联效应,改变植物化合物的生物活性、水溶性、稳定性、在细胞内和整体植株中的运输特性、亚细胞定位以及与受体的相互识别与结合特性,从而影响着植物生长发育的众多方面。比如花色素苷合成对花的显色作用,一些糖苷化合物参与植物体内激素的平衡调节,等等。另外糖基化还能降低或除去内源和外源物质的毒性。本文旨在介绍糖基转移酶超基因家族的划分归类及相关的系统进化问题,并对高等植物基因组中该家族的进化研究提出展望。 1. 糖基转移酶的生物学特性 植物中最早发现的糖基转移酶基因是诺贝尔奖获得者Mc Clintock所研究的控制玉米种子黑色素沉积的Bronze1基因,该基因后来被证实编码产生黄酮糖苷的UDP-糖基转移酶。目前,鉴定糖基转移酶的方法主要有三种:(1)传统生物化学方法,这种方法是早期研究者所采用的方法,主要过程包括分离提取活性酶蛋白,然后研究该酶的底物特异性和酶的动力学特征。通过该方法可以区分一些糖基转移酶,并揭示其部分特征。但该方法过于繁琐且耗时,对于研究超基因家族来说工作量过大;(2)分子生物学方法,主要采用的技术就是分子克隆,通过构建c DNA文库,然后利用已有的糖基转移酶基因设计的探针,从文库中筛选出可能的糖基转移酶基因。这一方法是目前通过实验来确定糖基转移酶基因的常规方法,研究者可以从这些实验数据中获得更多糖基转移酶的表达特征;(3)生物信息学方法,主要通过使用同源搜索工具BLAST或FASTA等从目的物种的c DNA或EST数据库中获取可能的糖基转移酶基因序列,接下来就可以对该基因进行克隆来进一步确认。Kikuchi等在2006年的研究中就指出生物信息学在糖组学的研究中已体现出强大的优势,不仅用于糖基转移酶基因的发现和鉴定,还可以用于目的基因的功能预测、基因结构分析、亚细胞定位;或者对于蛋白质的结构域分析、疏水性分析、保守序列预测、甚至三维结构的预测等等。总之,生物信息学已成为糖组学或者其它组学研究中必不可少的有效工具。 2. 糖基转移酶的结构 基于以上这些方法,目前已经克隆并鉴定了多种植物的糖基转移酶基因,分离得到大量的糖基转移酶蛋白,有些已测定了三维结构,这对于分析糖基转移酶与底物的识别和相互作用至关重要。随着大规模基因组计划的进行,越来越多的糖基转移酶家族成员将被发现,除了对这些糖基转移酶的结构与功能进行研究外,关于这些基因的划分归类及其进化规律一直是糖基因组学关注的热点问题。 对于糖基转移酶的分类按照不同的规则,就有着不同的解释: (1)按照糖基化反应的机制,糖基转移酶超家族可以被划分为两大类,即保留型(retaining,R)和反转型(inverting,I)。这种分类是从立体化学上来界定的,糖基供体上的异头碳的构型,转到受体上之后没有改变即为保留型,如果发生反转即为反转型。 (2)按照蛋白质的三维折叠模式,大部分糖基转移酶被划分到GT-A和GT-B两大类。起初只有很少的糖基转移酶的三维结构被测定,其中最早的为兔肌糖原磷酸化酶和T4噬菌体β-葡萄糖基转移酶,后续又报道了一些,但这些蛋白质都只采用两种折叠模式,即GT-A和GT-B。GT-A主要包括两个不同的结构域:一个N端的核酸结合结构域和一个C端的受体结合结构域,另外大多数GT-A类型的蛋白质还有一个保守的Dx D模体(motif);GT-B则含有两个相似的Rossman折叠结构域,这两个结构域被一个深的裂隙所分隔。将糖基转移酶分为GT-A和GT-B两个超家族是普遍被接受的,Liu等在2003年的研究中,又将跨膜糖基转移酶归类为GT-C超家族,这一组蛋白质在第一个胞外环上也有一个类似DXD模体,但现今没有证据可以证明G