生物信息基础 第7章蛋白质结构分析与预测.pptx

生物信息基础Basics in Bioinformatics主讲: 李春光 模式识别与智能系统实验室网络搜索教研中心 信息与通信工程学院 北京邮电大学 第7章 蛋白质结构分析与预测生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室2 内容提要引言– 蛋白质蛋白质结构预测蛋白质二级结构预测蛋白质三维空间结构预测/blog/article/AlphaFol d-Using-AI-for-scientific-discovery生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室3 回顾: 两种信息载体DNA分子蛋白质分子生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室4 蛋白质的构成蛋白质是由氨基酸用肽键相连接起来的线性聚合 物蛋白质是平均长度为200个左右的氨基酸大的蛋白质可以达到上千个氨基酸生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室5 蛋白质的重要性蛋白质决定的细胞的形状与结构细胞中蛋白质的重量占细胞干重的一半以上蛋白质是分子识别及催化作用的主要主体，执行生物体内 各种重要工作生物反应的催化营养物质的运输生长和分化的控制生物信号的识别与传递序列决定结构，结构决定功能生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室6 蛋白质的空间结构构成蛋白质的氨基酸序列 的长度不同、排列不同和 空间结构不同一级结构蛋白质中相邻的氨基酸通过 肽键形成一条伸展的链二级结构肽链上的氨基酸残基形成局 部的二级结构比如α螺旋是氨基酸的单链 螺旋，而β片层则由序列片 段“织”形成平面片状结构空间结构各种二级结构组合形成完整 的折叠结构生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室7 内容提要引言– 蛋白质蛋白质结构预测蛋白质二级结构预测蛋白质三维空间结构预测生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室8 生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室9为什么研究蛋白质的结构？基因是生命的蓝图；蛋白质是生命的机器, 执行生 物体内各种重要工作基因序列决定蛋白质的氨基酸序列氨基酸序列的特定空间结构赋予蛋白质相应的活 性和相应的生物学功能了解蛋白质的空间结构，有助于认识蛋白质的功能， 有助于认识蛋白质如何执行其功能从氨基酸序列到蛋白质空间结构的对应关系，称为“第二遗传密码”，也叫做折叠密码破解折叠密码是21世纪的生物信息学的重要课题 生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室10蛋白质结构的测定实验方法X-射线晶体衍射核磁共振电镜技术解析一个蛋白质结构在20世纪60年代可以获得诺贝尔奖；在70年代可以成为轰动世界的新闻；在80年代可以申请到教授职位；在90年代可以获得博士学位；在21世纪可以发表C/N/S论文； COVID-2019 蛋白质结构预测问题序列 ? 结构 ? 功能“第二遗传密码”，也叫做折叠密码基本观点：蛋白质的结构由氨基酸序列所决定蛋白质的空间结构决定蛋白质的生物学功能….-Gly-Ala-Glu-Phe-Ala-Glu-Phe-Gly-Ala-Glu….分子的性质和功能生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室12 蛋白质结构预测问题的可行性自然界中实际存在的蛋白质种类是有限的，可能 的结构类型并不多结构的数目并未随蛋白质氨基残基的个数呈现指数增长存在大量同源序列，序列到结构的关系有一定规 律可循相似的序列具有相似的结构….-Gly-Ala-Glu-Phe-Ala- Glu-Phe-Glu-Phe-….?(.)生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室13 蛋白质结构预测问题的数学本质寻找一种从蛋白质的氨基酸线性序列到蛋白质所 有原子三维坐标的一种映射….-Gly-Ala-Glu-Phe-Ala-Glu-Phe-Glu-Phe-….? ???生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室14 生物信息基础 - Basics in Bioinformatics模式识别与智能系统实验室15结构预测的基本方法统计分析方法对已知结构的蛋白质进行统计分析，建立氨基酸序列 到蛋白质结构的映射模型，进而对未知结构的氨基酸 序列根据映射模型直接从序列预测结构经验参数法相似片断法同源方法理论分析方法假设蛋白质分子取能量最低的空间结构