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B2WS-6JGH-PV7G-PBKP什么是结构生物学

结构生物学（Structuralbiology）是生物领域里面相对较新的一个分支。它主要以生物化学和生

物物理学方法来研究生物大分子，特别是蛋白质和核酸，的三维结构，以及与结构相对应的功能。

因为几乎所有的细胞内的生命活动都是通过生物大分子来完成的，并且这些大分子完成这些功能

的前提是它们必须具有特定的三维结构，因此，对于生物化学家们，这是一个非常具有吸引力的

领域。

该领域通常被认为开始于20世纪50年代，MaxPerutzhe和SirJohnCowdery

Kendrew于1959年各自利用X射线晶体学方法解析了肌红蛋白（Myoglobin）的三维结构，一

种在肌肉中运输氧气的蛋白。他们因此分享了1962年的诺贝尔化学奖，并由此揭开了结构生物

学的序幕。截止到2008年10月28日，已有53917个生物大分子结构在（蛋白

质数据库）登记在案。

目前用于研究生物大分子结构的常用方法有X射线晶体学（X-raycrystallography）、核磁共振

（NMR）、电子显微学（electronmicroscopy）、冷冻电子显微学（electron

cryomicroscopy=cryo-EM）、超快激光光谱（ultrafastlaserspectroscopy）、双偏振极化干涉

（DualPolarisationInterferometry）以及圆二色谱（circulardichroism）等。当中又以X射线晶

体学和核磁共振最为常用。

图一：肌红蛋白（Myoglobin）的三维结构，世界上第一个由X射线晶体学解出的蛋白质结构，

该蛋白在肌肉中传输氧气。．

图二：蓝细菌（Cyanobacterium）的光系统II（PhotosystemII）的三维结构，该蛋白位于细胞

膜内，用以吸收光能参与光合作用。

Pymol学习笔记（一）：简介安装

Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由WarrenLyford

负责商业发行。DeLanoScientificLLC编写，并且由DeLano

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在

所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）

的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮

助。今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起，DeLanoScientific对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）

采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使

用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话：

1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。

然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：

C++(gccorg++packagename)?Python?OpenGL?PNG?然后在源代码目录里面

依次运行：

2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：

Python?Pmw?OpenGLdriver（我用的是NVdia）?libpng?

Subversionclient（下载源代码需要）?然后下载Pymol的源代码$mkdirpymol-src

$svnco/svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src

然后进入源代码目录#cdpymol-src

开始依次编译#pythonsetup.pyinstall

#pythonsetup2.pyinstall

拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了#cp./pymol/usr/bin

?灭牯?牲牯?潎洠摯汵?慮敭?浐屷，那么你应该运行如果运行时得到错误信息#python

setup2.pyinstallpm