分子标记和QTL定位分析.pptVIP

关于分子标记和QTL定位分析第1页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三概述一、分子标记molecularmarker广义的分子标记指具有遗传多态性的生物大分子，包括DNA标记和生化标记。狭义的分子标记专指直接反映DNA核苷酸序列多态性的DNA标记。第2页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三类型一、分子标记第一类：以分子杂交为核心的分子标记技术：★限制性片段长度多态性标记（RFLP）；★DNA指纹技术（DNAFingerprinting）★原位杂交（insituhybridization）等.第3页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三随机扩增多态性DNA（RandomamplificationpolymorphismDNA,简称RAPD标记）；简单序列重复（Simplesequencerepeat,简称SSR标记）或简单序列长度多态性（Simplesequencelengthpolymorphism,简称SSLP标记）；扩增片段长度多态性（Amplifiedfragmentlengthpolymorphism,简称AFLP标记）；序列标记位点（Sequencetaggedsites,简称STS标记）；序列特异性扩增区域（Sequencecharacteredamplifiedregion,简称SCAR标记）等。第二类：以PCR为核心的分子标记技术一、分子标记类型第4页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三第三类：基于DNA测序的的分子标记一、分子标记类型单核苷酸多态性（Singlenucleotidepolymorphism,简称SNP标记）；表达序列标签（Expressedsequencestags,简称ESTs标记）。第5页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三二、遗传图谱概念遗传图谱（geneticmap）又叫连锁图谱（linkagemap）是指对遗传重组结果进行连锁分析得到的基因标记或其他遗传标记在染色体上相对位置的排列图。分子遗传图谱：以分子标记所构建的遗传图谱。第6页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三二、遗传图谱理论依据指染色体的交换和重组在细胞减数分裂时，非同源染色体上的基因相互独立、自由组合，同源染色体上的两个非姊妹染色单体之间发生交换，产生非等位基因间的重组，形成了重组子。重组型配子所占总配子的比例称为重组率，用r表示。重组率的高低取决于减数分裂细胞中发生交换的频率，两对基因之间的直线距离决定它们之间的交换率，交换率越高，则重组率越大。遗传图谱的构建就是用重组率来表示基因的遗传距离，图距单位用厘摩（Centi-Morgan，cM）表示，1cM的大小大致表示1%的重组率（Bohnetal，1996）。但遗传图谱只是显示基因在染色体上的相对位置，并不能代表DNA的实际长度。第7页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三二、遗传图谱理论依据第8页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三二、遗传图谱构建遗传图谱步骤亲本的选择和选配作图群体的创建分子标记的连锁分析第9页，讲稿共30页，2023年5月2日，星期三二、遗传图谱构建遗传图谱步骤选择原则：亲本间应具有较高的多态性；亲本之间的DNA多态性与其亲缘关系有着密切关系，亲本之间亲缘关系越远，多态性越丰富，图谱上连锁的标记才可能越多，该图谱的经济价值就越大。要考虑杂交后代的可育性；亲本间的差异不能过大，否则染色体之间的配对和重组会受到抑制，严重的会降低杂种后代的结实率，甚至导致不育，影响分离群体的创建。在选配亲本时还应对亲本及其F1杂种进行细胞学鉴定；若双亲间存在相互易位，或多倍体材料（如小麦）存在单体或部分染色体缺失等问题，那么其后代就不宜用来构建连锁图谱。注释：在演讲时，1.2.3解释部分可删去。亲本的选择和选配第10页，讲稿共30页，2023年