质粒连接克隆法用于提高单细胞全基因组扩增产物覆盖率及质量的初探.pdfVIP

第４３卷第６期暨南大学学报（自然科学与医学版）Ｖｏｌ．４３Ｎｏ．６

２０２２年１２月ＪｏｕｒｎａｌｏｆＪｉｎａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅ＆ＭｅｄｉｃｉｎｅＥｄｉｔｉｏｎ）Ｄｅｃ．２０２２

质粒连接克隆法用于提高单细胞全基因组开放科学标识码

（ＯＳＩＤ）

扩增产物覆盖率及质量的初探

１２１１

陈伟珊，黄一芳，叶昕怡，郑磊

（１．南方医科大学南方医院检验科，广东广州５１０５１５；２．广西医科大学第一附属医院检验科，广西南宁５３００００）

［摘要］目的：评估利用质粒连接克隆技术提高稀有细胞全基因组扩增（ＷＧＡ）产物覆盖率及质量的可行性。

方法：以５４例宫颈脱落滋养层细胞和循环肿瘤细胞的ＷＧＡ产物为研究对象，利用质粒连接克隆技术，通过质粒

ＴＭ

载体ｐＭＤ１９Ｔ将单细胞ＷＧＡ产物转入大肠杆菌ＤＨ５感受态细胞进行增殖获取ＷＧＡ产物的克隆产物。设计

α

２２条常染色体中２２个特定位点引物进行扩增，根据扩增阳性率计算单细胞ＷＧＡ产物克隆前后的覆盖率，并利用

配对ｔ检验及散点图进行统计学分析。随机选取样本，利用Ｓａｎｇｅｒ测序和短串联重复序列技术进行产物质量验

证。结果：克隆后单细胞ＷＧＡ产物的覆盖率有所提高（克隆前７３％、克隆后７９％），尤其对宫颈脱落滋养层细胞

效果更为显著（克隆前７２％、克隆后８１％）；在随机选取的１２例样本中，克隆后样本的Ｓａｎｇｅｒ测序峰图质量和成功

率均优于克隆前；此外，随机选取的２例克隆后的样本检测出的ＳＴＲ基因座均显著多于克隆前的。结论：质粒连

接克隆法在一定程度上能提高单细胞ＷＧＡ产物覆盖率及质量，有助于更深入地研究稀有细胞的生物学意义及临

床价值。

［关键词］单细胞；全基因组扩增；质粒连接克隆；覆盖率

［中图分类号］Ｒ－３３１［文献标志码］Ａ［文章编号］１０００－９９６５（２０２２）０６－０６４３－１０

ＤＯＩ：１０．１１７７８／ｊ．ｊｄｘｂ

Ｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｐｌａｓｍｉｄｃｌｏｎｉｎｇｍｅｔｈｏｄｔｏｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｃｏｖｅｒａｇｅａｎｄ

ｑｕａｌｉｔｙｏｆｓｉｎｇｌｅｃｅｌｌｗｈｏｌｅｇｅｎｏｍｅａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｐｒｏｄｕｃｔｓ

１２１１

ＣＨＥＮＷｅｉｓｈａｎ，ＨＵＡＮＧＹｉｆａｎｇ，ＹＥＸｉｎｙｉ，ＺＨＥＮＧＬｅｉ

（１．ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，ＮａｎｆａｎｇＨｏｓｐｉｔａｌ，ＳｏｕｔｈｅｒｎＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ５１０５１５，Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ，Ｃｈｉｎａ；２．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ

ｏｆＣｌｉｎｉｃａｌＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭｅｄｉｃｉｎｅ，ＴｈｅＦｉｒｓｔＡｆｆｉｌｉａｔｅｄＨｏｓｐｉｔａｌｏｆＧｕａｎｇｘｉＭｅｄｉｃａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｎｉｎｇ５３００００，Ｇｕａｎｇｘｉ，Ｃｈｉｎａ）

［Ａｂｓｔｒａｃｔ］Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ：Ｔｏｅｖａｌｕａｔｅｔｈｅｆｅａｓｉｂｉｌｉｔｙｏｆｕｓｉｎｇｐｌａｓｍｉｄｃｌｏｎｉｎｇｔｏｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｃｏｖｅｒａｇｅａｎｄ

ｑｕａｌｉｔｙｏｆＷＧＡｐｒｏｄｕｃｔｓｆｒｏｍｒａｒｅｃｅｌｌｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ｉｎｔｈｉｓｓｔｕｄｙ，５４ｃａｓｅｓｏ