最硬核的RNA甲基化修饰（m6A）位点预测网站——WHISTLE.docxVIP

最硬核的RNA甲基化修饰（m6A）位点预测网站——WHISTLE

简介

人类表观转录中有着丰富的RNA修饰，目前已经鉴定出超过150种RNA修饰。1974年，m6A第一次在poly-ARNA中检测到，在过去的五十年间，已经证明了m6A的生物学意义，包括mRNA翻译的调节，热休克反应，DNA损伤反应，RNA-蛋白质相互作用和RNA稳定性调节等。因此，m6A位置的准确鉴定对于研究和理解RNA修饰在生物学中的下游效应是至关重要的。

然而大多数现有表观转录组数据库，例如：MET-DB和RMBase，仅通过简单的搜索RRACH模体（motif）进行预测，该方法不能区分随机发生的RRACH模体和位于附近真实含m6A的模体，即位于m6A峰内的所有RRACH模体将被报告为m6A的一个位点，从而影响预测结果。自2015年以来，基于碱基分辨技术开发了大量RNA-甲基化位点预测方法和网络服务器，包括iRNA-Methyl和pRNAm-PC；基于随机森林机器学习框架开发的SRAMP(m6A在线预测网站——SRAMP)；还有许多其他的位点预测网站，例如:MethyRNA，RNAMethPre，RAM-NPPS，TargetM6A，AthMethPre，iRNA-PseColl，M6APred-EL，iMethyl-STTNC，iRNA-PseDNC等。这些预测完全基于序列信息，不考虑其他可能有用的基因组特征，例如保守性，转录物类型和基因注释。

那么，本期给大家介绍一个最硬核的RNA甲基化修饰（m6A）位点预测网站——WHISTLE。

题目

单位

通讯作者

孟佳毕业于西北工业大学航海学院并获得测控技术与仪器专业工学学士学位，后赴美国德克萨斯大学圣安东尼奥分校获得电子工程学硕士学位、博士学位并从事博士后研究工作。先后入选江苏省双创计划，江苏省六大人才高峰项目和苏州市优秀教育工作者等高层次人才培养计划和荣誉。

杂志

NucleicAcidsResearch（IF=10.162）

构架

优势

1.??WHISTLE基于数百个高通量测序的样本构建，结合了多个基因组和常规序列的特征，在m6A位点预测的准确性方面取得了重大改进。在完整转录本和成熟mRNA模型下的平均AUC分别为：0.960和0.895，与现有技术的计算方法MethyRNA（AUC：0.830和0.772），SRAMP（AUC：0.835和0.794），MET-DB（AUC：0.8330.782和）和RMBase（AUC：0.8220.775）相比。

2.??通过整合基因表达谱，RNA甲基化和PPI网络，进一步注释RNA甲基化位点的功能。

步骤

1.用谷歌浏览器打开WHISTLE，网址：/

2.选择“TakemetoWhistle”

3.选择需要研究的功能或者基因。以RAB29基因为例，选择“GO”。

4.预测结果。

5.点击蓝色字体查看详细。