基于RNA-seq数据分析长牡蛎(Crassostreagigas)天然免疫的可变剪接事件_NormalPdf.docxVIP

第55卷第1期海洋与湖沼Vol.55,No.1

2024年1月OCEANOLOGIAETLIMNOLOGIASINICAJan.,2024

基于RNA-seq数据分析长牡蛎(Crassostreagigas)天然免疫的可变剪接事件*

李若晖1,2,3

张琳琳1,2,3①

(1.中国科学院海洋研究所实验海洋生物学重点实验室山东青岛266071;2.青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋生物

学与生物技术功能实验室山东青岛266237;3.中国科学院大学北京100049)

摘要大部分无脊椎动物缺乏基于经典抗体和记忆细胞的适应性免疫,因而天然免疫在无脊椎动

物免疫防御中发挥不可或缺的作用。可变剪接正是产生天然免疫多样性和特异性的重要途径。牡蛎(Crassostrea)是全球范围内的大宗养殖贝类和我国产量最高的海水养殖贝类,理解其天然免疫系统的多样性和特异性对牡蛎病害防治和养殖业健康可持续发展至关重要。通过对不同病原诱导以及诱导后不同时间的转录组进行生物信息分析,系统地研究了长牡蛎天然免疫应激反应的可变剪接事件。发现在弧菌诱导下可变剪接事件的总数显著增加,表明弧菌的感染会诱导长牡蛎可变剪接事件的产生。对病原诱导后可变剪接体的组成类型及表达量显著变化的基因的功能富集分析,表明免疫系统相关功能被显著富集,病原感染不同阶段以及不同病原感染后可变剪接体的组成类型和表达量均不一致,表明长牡蛎免疫系统可通过可变剪接产生免疫响应的特异性和多样性。研究结果为长牡蛎等无脊椎动物天然免疫多样性和特异性提供了典型实例,也为长牡蛎病害防御提供了理论支撑。

关键词长牡蛎;可变剪接;病原体诱导;天然免疫

中图分类号Q789;S944.3;S968.3doi:10.11693/hyhz20230700148

免疫系统是生物体为了抵御病原体入侵,在长期进化过程中形成的一套复杂的防御系统,它可以维持机体的内稳态(蒲新明,2008)。免疫系统通过一系列免疫应答反应参与免疫调节(王金星等,2004)。免疫系统可以分为天然免疫系统(Innateimmunesystem)和获得性免疫系统(Adaptiveimmunesystem)两种类型,两种类型对应着不同的作用机制(李颖,2011)。普遍认为无脊椎动物只存在非特异性的天然免疫,缺乏获得性免疫(Litmanetal,2005)。无脊椎动物应对病原微生物的入侵主要依赖天然免疫系统。为应对各种各样的病原微生物入侵,基因组需要通过不同的调控产生特定转录组和蛋白质组,从而完成对病原体入侵做出有效和快速的天然免疫反应。

在漫长的自然进化过程中无脊椎动物进化出一

套功效强大的先天防御体系,通过细胞代谢的重编程和免疫系统的激活使它们能够有效地应对病原体入侵。许多细胞过程的正常进行在很大程度上取决于RNA代谢,特别是RNA的成熟和降解。在真核生物中,利用不同的剪接位点,将相同的前体mRNA转化成多个信使RNA(mRNA)的过程,被称作可变剪接(Alternativesplicing,AS)(Kahlesetal,2016)。可变剪接通过使基因产生结构和功能不同的mRNA和蛋白质,从而增强转录组可塑性和蛋白质功能多样性(Maniatisetal,2002;Nilsenetal,2010)。可变剪接可以从数量相对较少的基因中产生大量的mRNA和蛋白质异构体。可变剪接还可以改变转录本及其编码蛋白的结构,从而调节蛋白质的功能,而可变剪接产生的异构体甚至可能具有完全相反的功能(Stammetal,

*国家重点研发计划,2022YFD2401400号;中国科学院战略性先导科技专项,XD号;国家自然科学基金,号。李若晖,硕士研究生,E-mail:liruohui20@mails.ucas.ac.cn

①通信作者:张琳琳,博士生导师,研究员,E-mail: