黄海潮间带和浅海表层沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法学探索_NormalPdf.docxVIP

第54卷第3期

第54卷第3期2023年5月

Vol.54,No.3May,2023

OCEANOLOGIAETLIMNOLOGIASINICA

黄海潮间带和浅海表层沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法学探索*

陈家鑫1,3

刘佳文1,3

法文龙1,3

李浩天1,3

类彦立1,2,3①

(1.中国科学院海洋研究所海洋生物分类与系统演化实验室青岛市海洋生物多样性与保护重点实验室山东青岛266071;

2.南方海洋科学与工程广东省实验室(珠海)广东珠海519082;3.中国科学院大学北京100049)

摘要海洋沉积物中的植物信息具有重要的生态学和古环境意义,但传统方法只能通过研究沉积

物中的孢粉获取植物信息。随着分子生物学的进步,探索利用海洋沉积物中的植物分子多样性解释全球变化成为了一种新的尝试。文章首次尝试了对海洋沉积物中的植物DNA进行提取与PCR扩增,通过使用不同的DNA提取方法(DNA提取试剂盒)和PCR扩增条件[2倍浓缩的PCR扩增预混合溶液(Mix)退火温度、循环数、DNA模板量以及引物],探索海洋沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法,并在采自黄海潮间带以及浅海表层的沉积物中进行了检验。共尝试了32种方法,结果表明:强力土壤微生物DNA提取试剂盒(DNeasyPowerSoil)以及2×TransTaqHiFiPCRSuperMixⅠ是较好的DNA提取与扩增条件;对于潮间带表层沉积物样品,最佳退火温度为55°C,最佳循环数为55个循环;而对于浅海表层沉积物样品,最佳退火温度为59°C,最佳循环数为45个循环;此外,相对于rbcL引物,gh引物的扩增结果更好。这项研究首次成功提取并扩增了海洋沉积物中的植物DNA,以期应用于海洋沉积物中植物分子多样性的分析,为研究全球环境变化和陆地植被变化提供一种新的技术途径。

关键词分子生物学;海洋沉积物;植物DNA;方法学

中图分类号P714+.5doi:10.11693/hyhz20220900229

在古海洋学研究中,海洋沉积物中记录的信息是反演海洋和陆地气候与环境变化的重要载体(Corinaldesietal,2008),海洋环境的变化一般通过有孔虫进行指示(Chenetal,2008;Muhongetal,2008;Wangetal,2018,2019a,2019b;Jianetal,2019,2020;Lietal,2021a2,3;Zhangetal,2021;Zhouetal,2021;Chenetal,2022;Xiongetal,2022),陆地环境的变化则一般通过沉积物中的植物孢粉信息指示(Voldstadetal,2020;Yangetal,2020b2,20213;Lietal,2021b2)。植物是自然界中物质循环与能量交换的重要环节(张佳华等,2000),它们提供了许多宝贵的生态系统服务(Costanzaetal,2014)。植物群落的动态与气候变化有

明显的相关性(Farrelletal,2015),这些植被由于气候变化的影响,在全球范围内正处于不断下降的趋势(Kernetal,1992;Erbetal,2018;Cuni-Sanchezetal,2021)。虽然植物群落对气候环境变化具有良好的指示作用,但是到目前为止,对于检测植被变化、评价人类活动影响的有效且高效的方法十分匮乏。

植被分布情况的获得一般依赖于野外调查(Chytryetal,2011)、分析沉积物中的孢粉(Yangetal,2020b)3或遥感数据(Qietal,2000;Wangetal,2002)。研究者可以通过遥感数据和野外调查来评估从米到千米的空间变化(Taubertetal,2018),对沉积物中的孢粉进行分析可以重建古植被的分布与变化(Yangetal,

*国家自然科学基金资助项目,U1906211号;国家自然科学基金资助项目,号;青岛海洋科学与技术试点国家实验室,2021W