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生物计算理论及应用
报告提纲1、研究背景2、生物计算是什么3、生物计算怎么做的4、生物计算研究进展5、华科生物计算实验室介绍2
1研究背景一NewYorkTimesAdamL.Penenberg著名杂志撰稿人LinleyGwennap著名半导体市场分析师JohnGustafsonAMD首席设计师电子计算机制造工艺技术即将达到极限，摩尔定律面临挑战GordonE.Moore摩尔定首晟自旋电子理论提出oramCedarSanDisk首席技术来道雄弦理论奠基1研究背景二4电子计算机信息处理能力难于适应大数据的发展及处理需求社交网络facebook云计算GoogleJimGray图灵奖获得者Science专刊DealingwithBigdata2013年信息安全2013年医药生物美国国家基金委超摩尔工程2005200620072009奥巴马大数据战略2011201220132013年航空航天
领袖科学家的构想51959年：生物计算构想，人类应用原子/分子尺度的材料来构建设备RichardPFeynman诺贝尔物理学奖获得者1991年：求解复杂计算问题，应从生物学中而不是物理学中获得启示MarvinMinsky人工智能之父1994年：给出了首个生物计算实验LeonardAdlemanDNA计算之父、图灵奖获得者2012年：ComputationalBiologyScience专刊1研究背景三5
62生物计算：是什么？基于生物材料的计算生物材料：DNA分子、细胞、细胞群等生物计算
72生物计算：为什么？DNA分子存储容量大人类DNA分子大约有30亿个碱基对DNA分子存储密度大人类DNA分子折叠后不到1微米DNA分子具有自组装能力碱基特异性配对，构造微小器件
约有30亿个碱基对分子折叠后不到1微米30亿=6万本书（5万字/本）存储容量和存储密度的直观比较2生物计算：为什么？
太原科技大学图书馆130万册书25个人类DNA分子DNA分子存储容量大、存储密度大2生物计算：为什么？存储容量和存储密度的直观比较
10一段26秒钟长的马丁·路德·金《我有一个梦想》演讲录音一篇关于DNA结构的经典学术论文的PDF文件莎士比亚十四行诗全篇一张EBI大楼的彩色照片一段这次试验使用的软件算法GeorgeM.Church,etal.Science,337(6102),2012一本包含53,426个单词、11张图像和一个JavaScript程序的书被编入DNA中NickGoldman,Nature,494:77-80.2013Harvard大学Church团队欧洲生物信息研究所Goldman团队一克重的DNA存储2.2个PB信息量2生物计算：为什么？
112生物计算：为什么？细胞核质膜内质网高尔基体溶酶体线粒体细胞是天然的分布式并行计算平台
12Hamilton路问题123456LenAdleman(RSA公钥加密算法)Science(1994),1021-10241,2,3,4,5,61,2,4,2,3,5,61,2,3,5,6???3生物计算：怎么做？
13TATCGGATCGGTATATCCGA2GCTATTCGAGCTTAAAGCTA4CGATAAGCTCCATATAGGCDNA计算实例3生物计算：怎么做？
14步骤1（实验）合成DNA序列（上海生工，￥2-4元/bp）步骤2（实验）混合，生成所有可能的路（链接反应）步骤3（实验）选取含起始点的路（PCR扩增）步骤4（实验）选取长为的路（凝胶电泳）步骤5（实验）选取含点的路（磁珠分离系统，亲和层析）步骤6（实验）读取解（PCR扩增，凝胶电泳）3生物计算：怎么做？
15GheorgheP?un199845312AABBCDDPsystemsA,B?CC?D细胞核质膜高尔基体溶酶体线粒体内质网多“核”计算系统Turing机3生物计算：怎么做？
16Activetransport:uniport,symport,andantiportABCED3生物计算：怎么做？
17ABCEDActivetransport:uniport,symport,andantiport3生物计算：怎么做？
18A(A,in)BCEDActivetransport:uniport,symport,andantiport3生物计算：怎么做？
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