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一种基于递归算法预测茎环结构的miRNA前体预测方法的开题报告

一、研究背景

miRNA（microRNA）是一类长约20nt左右的小分子RNA，它们主要参与转录后基因表达的调控，并在细胞分化、增殖、细胞死亡、发育等生物过程中发挥着重要的作用。miRNA通常由RNA聚合酶II在基因组中产生，经“一切二剪”方式产生预miRNA，经核外加工后被进一步切割成寡聚核苷酸成熟的miRNA。

预测miRNA前体序列是miRNA生物信息学的重要研究方向之一。miRNA前体序列的预测方法多种多样，例如序列比对、二级结构预测等传统的方法，还有近年来兴起的基于深度学习的方法。其中，基于RNA二级结构特征的预测方法得到广泛的应用和认可。

二、研究目的

本项目旨在提出一种基于递归算法的miRNA前体预测方法，通过预测预miRNA的二级结构中是否存在一个茎环结构，从而进一步判断是否为合法的miRNA前体序列。该方法的优势在于：基于递归算法，可以很好地描述RNA分子的二级结构信息，减少计算量，提高预测的准确性和速度。

三、研究方法

1.数据集选择

选取已知miRNA前体序列和非miRNA序列，用于构建训练样本和测试样本。

2.特征提取

对于每个样本，先提取其RNA序列，然后基于RNA二级结构信息，提取特征。本研究主要使用的特征为：茎环结构的长度和能量，外部环和内部环的长度和能量，二级结构的匹配度，碱基对的数目等。

3.构建模型

本研究采用基于递归算法的方法预测miRNA前体序列。该方法可以描述RNA分子的二级结构信息，计算量小，预测效果好。首先，根据输入的miRNA序列，生成其对应的RNA二级结构图。然后，利用动态规划算法求解RNA二级结构图的最优匹配情况，判断其中是否存在茎环结构。最后，通过判断茎环结构的长度和能量，以及外部环和内部环的长度和能量等特征，预测该预miRNA是否为合法的miRNA前体序列。

四、预期结果

本研究的预期结果为：提出一种基于递归算法的miRNA前体预测方法，有效地预测预miRNA的二级结构中是否存在茎环结构，从而进一步判断是否为合法的miRNA前体序列。该方法将在已有的数据集上进行测试和评估，与其他方法进行对比，证明其有效性和优越性。

五、实验意义

miRNA前体序列预测是miRNA生物信息学领域的一个重要研究方向。本研究提出的基于递归算法的miRNA前体预测方法，可以有效地预测预miRNA的二级结构中是否存在茎环结构，从而准确地判断是否为合法的miRNA前体序列。这对于miRNA的研究与应用具有重要意义。本研究提供的方法可以用于miRNA的高通量预测和筛选，为miRNA的研究和应用提供可靠的预测基础。