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Clustalx-多重序列比对图解教程(图解使用)
图1
图2
2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cutsequences(剪切序列)、Pastesequences(粘贴)、SelectAllsequences(选定所有序列)，ClearsequenceSelection(清除序列选定)、Searchforstring(搜索字串)、RemoveAllgaps(移除序列空位)、RemoveGap-OnlyColumns(仅移除选定序列的空位)
图3
3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。通常情况下，我们可以使用默认参数。比对参数主要有六个，分别是ResetNewGapsbeforeAlignment(比对前重置新的空位参数)，ResetAllGapsbeforeAlignment（比对前重置所有空位参数），PairwiseAlignmentParameters（两两序列比对参数），MultipleAlignmentParameters（多重序列比对参数），ProteinGapParameters（蛋白空位参数），SecondarystructureParameters（二级结构参数），如图4所示：
图4
修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“MultipleAlignmentParameters”弹出参数设置窗口，如图5所示：
图5
4.完全比对：返回菜单栏选择“CompleteAlignment”标签，此时会弹出输出文件路径的设置窗口，设置GuideTreeFile（向导树或指导树文件）、AlignmentFile（比对文件）的保存位置（存放路径），点击“Align”按钮程序自动开始序列的完全比对，比对所需时间因序列文件大小和长度、计算机性能而异，如图6-8所示：
图6
图7
图8
当主界面的左下状态栏会提示“CLUSTAL-AlignmentFilecreated[]”时说明比全完毕，这时文件保存位置的目录下会生成生成两个文件，分别是*.aln和*.dnd，aln是序列比对的文件，可以进一步用于构树系统发育树，dnd是向导树文件（指导树），这两个文件可以用Windows系统中的“记事本”或第三方程序“UltraEdit”等打开，如：
图9ALN文件
图10dnd文件
5.后续分析：
1)Clustalx比对生成的结果可读性不是太好，一般需要专业的序列着色软件处理，如Boxshade、ESPript，这两个工具都是在线进行，其中Boxshade图解教程详见本Blog日志。
Boxshade在线网址：/software/BOX_form.html
ESPript在线网址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
2)转换ALN文件，进一步构建系统发育树，转换格式依不同软件而有所不同，如在PHYLIP分析前需要将ALN格式转换为PHY格式方可...
注意事项：
1)dnd是向导树文件，可以用TreeViews软件查看树图。注意：向导树不是系统发育树，两者区别敬请关注近期－系统发育分析专题。
2)多重比对文件推荐要求为规范的FASTA格式，文件扩展名不限，格式大致如下：
引用:
RGDV_BAA02676
MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN
RGDV_ABC75537
MSRQAWIETSALIECISEYGTKCSFCHLWVIMSFIAVFGRYYTVN
RGDV_AAO64253
MSRQAWIETSALIERISEYGTKCSFRHLWVIMSFIAVFGRYYTVN
RGDV_AAY14576
常见问题：
正在整理中，欢迎大家将使用过程存在的问题在此提出，以便于解答...
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