石斑鱼亚科鱼类线粒体基因组全序列扩增引物及其设计方法.pdf

石斑鱼亚科鱼类线粒体基因组全序列扩增引物及其设计方

法

专利名称：石斑鱼亚科鱼类线粒体基因组全序列扩增引物及

其设计方法

技术领域

本发明涉及石斑鱼，尤其是涉及16对主要用于能特异地扩

增大多数石斑鱼亚科鱼类线粒体基因组全序列的扩增引物

及其设计方法。

背景技术

线粒体基因组由37个编码基因及一段主要的非编码区(控制

区)组成，不同序列区域的进化速率不同。由于动物线粒体

DNA(mtDNA)具有结构简单、严格的母系遗传、几乎不发生

重组、进化速度快且不同区域进化速度存在差异等特点，使

其在种类鉴别、系统进化和种群遗传学的研究方面应用十

分广泛。当前通过序列差异来鉴别外型上相似的鱼类是一

种十分便利准确的方法，其中线粒体序列差异的研究，如应

用于种类鉴别和分子系统进化分析等，国内外已有一些相关

报道。石斑鱼亚科鱼类种类繁多，其种间外部形态相似，

为其种类鉴定带来极大困扰。而其遗传上也具有异常相近

的亲缘关系，因此需要大范围的测序特别是线粒体基因组

全长的测序才能最有效进行种间的比较。Craig等(1、

CraigMT，PondellaDJ，FranckJPC，Hafnert

JC(2000)0nthestatusoftheserranidfishgenus

Epinephelus:evidenceforpar即hylybasedupon16s

rDNAsequence.MolecularPhylogeneticsandEvolution,

19，121-130)对不同石斑鱼线粒体基因16SrDNA进行测序

比较；Ding等(2、DingSX，ZhuangX，GuoFetal.

(2006)MolecularphylogeneticrelationshipsofChina

Seasgroupersbasedoncytochromebgenefragment

sequences.ScienceinChinaSeriesC:LifeSciences,

49，235-242)对几种石斑鱼线粒体基因cytb进行测序并

构建系统发生树；Maggio等(3、MaggioT，AndaloroF，

HemidaF，ArculeoM(2005)Amolecularanalysisofsome

EasternAtlanticgrouperfromtheEpinephelusand

Mycteropercagenus.JournalofExperimentalMarine

BiologyandEcology,321，83-92)综合16SrDNA和cytb测

序方法对几种石斑鱼进行聚类分析。但是，由于缺乏适合

于线粒体基因组全序列扩增和测序的引物，对石斑鱼类线粒

体基因组全序列的测定工作进展缓慢。Meyer(4、

MeyerA(1993)EvolutionofmitochondrialDNAinfishes.

In:BiochemistryandMolecularBiologyofFishes(eds.

HochanchkaPW，MommsenTP)，vol.2，1-38，Elsevier,

NewYork)曾于1993年公布了鱼类线粒体基因组通用的扩增

引物，然而石斑鱼类线粒体基因组的序列较为特化，使用通

用的扩增引物难以对其进行有效扩增。到目前为止，只有

Zhu等(5、ZhuZY，YueGH(2008)The

completemitochondrialgenomeofredgrouper

Plectropomusleopardusanditsapplicationsin

identificationofgrouperspecies.Aquaculture，276，

44-49)禾l」用Meyer的通用扩增引物成功扩增出一种石

斑鱼类的线粒体基因组全序列，而且这些引物对