蛋白质结构基础课件.pptxVIP

蛋白质结构基础;第一节蛋白质结构的基本组件;一、天然常见氨基酸;1．基本结构;另有一种脯氨酸具有类似而不相同的化学结构。它们的侧链与主链N原子共价结合，形成一个亚氨基酸。结构的特殊性决定了脯氨酸功能的特殊性。;2．基本性质;3.单一构型和旋转异构体;二、肽单位和多肽链;(2)肽单位与多肽主链

由于局部双键性质，肽键连接的基团处于同一平面，具有确定的键长和键角，是多肽链中的刚性结构，称为肽单位(peptideunit)。有序连接的肽单位就是多肽链的主链。因此，从结构上看，肽单位和侧链基团是蛋白质分子的基本建筑模块。

;2．多肽链的构象;三、α螺旋;1．基本结构参数

2．螺旋偶极子

3．两亲性螺旋

4．倾向于形成α螺旋的氨基酸

5．310螺旋和π螺旋;四、β层;五、环肽链;长环肽链的构象常具有相当的柔性(flexibility)

功能意义：这类柔性肽链的构象一般在Ｘ射线结构分析和NMR结构分析中都难于测定。但这种构象柔性常常对蛋白质的功能发挥具有特定意义，通过这种柔性肽段的运动，可以将蛋白质的活性中心打开，也可以将其关闭，以适应在活性发挥不同阶段的不同立体化学环境要求。

长链环一般易受蛋白酶降解，它们常常结合金属离子(主要是Ca2+)来稳定自己并拮抗蛋白酶的攻击。;短肽链环的构象取决于特定氨基酸残基位置

对I型β转折，任何氨基酸都可出现在其i～(i+3)的位置，但Pro不能出现在i+2位置。

在I型和Ⅱ型转折中，Gly主要位于i+3，Pro主要位于i+1；Asp、Asn、Ser和Cys经常出现在i位置，其侧链常与i+2残基NH成氢键；Gly和Asn最常出现在Ⅱ型转折的i十2位置，因为它们最易于接受在此位置所要求的主链构象角。

I’型转折的i+1和i+2位的优势氨基酸为Gly，Ⅱ’型在i+2位为Gly。

;六、疏水内核;第二节蛋白质结构的组织和主要类型;一、蛋白质结构的层次体系;1．一级结构(primarystructure);2．二级结构(secondarystructure);3．结构模体(motif，structuralmotif）;4．结构域;5．三级结构(tertiarystructure);6．四级结构(quaternarystructure);结构的复杂性;二、蛋白质结构分类;1．按结构域分类;(1)α型结构(αstructure)

这类蛋白质主要??α螺旋组成，其螺旋含量一般在60％以上，有的高达80％。α螺旋在这类蛋白质中大多以反平行方式排布和堆积，所以又称反平行α结构。

按照螺旋排布的不同拓扑学特征，又可分为一些亚组。肌红蛋白、血红蛋白、烟草花叶外壳蛋白、细胞色素b，等均属此类结构。;分类;;分类;(3)α/β型结构

这是已知数量最多的一类结构，它由平行的或混合型的β层被α螺旋包绕构成，主要是β-α-β模体的组合。在这类结构中β层和螺旋内部各股链主要以平行方式排布，所以也称为平行α/β型。当然，其中螺旋与相邻β链彼此是反平行的。多数情况下，一个5～9条链组成的平行β层在中央，两侧是α螺旋，形成三层式结构。

依据β链组织方式的不同，它们呈现出许多不同类型。丙糖磷酸异构酶、醛缩酶、乳酸脱氢酶、醇脱氢酶、磷酸甘油酸激酶等均属此类结构。;分类;(4)α+β型结构

这类结构中既含α螺旋又含β层结构，但α螺旋与β层在空间上彼此不混杂，分别处于分子的不同部位，有时α螺旋和β层分别形成两个结构域。

已知这类结构的数量不多，因此有时将它们按α螺旋或β层部分的组织特征分别划入以上三种类型中。溶菌酶、嗜热菌蛋白酶、核酸酶等属此类结构。;(5)无规型／富含二硫键和金属离子型

这是一类小蛋白质分子，它们没有典型的二级结构，或者所含二级结构的组成和组织没有明显的规律可循。

这类蛋白质分子虽然不大(一般小于100个氨基酸残基)，但含有较多的二硫键或金属离子以稳定其三维结构，所以在有的分类中称它们为富含二硫键和金属离子型蛋白。;上列前三类结构所占的比例分别是20％(α型)、32％(β型)、35％(α/β型)。

尽管随着用于统计分析的数据基础不同，这些比例数字也会有所变化，但是都表明这三类结构包含了已知蛋白质的绝大部分。;2．系统性分类;第三节多肽链的生物合成与折叠;折叠机理认识;一、多肽链的生物合成;多肽链生物合成的主要环节;二、多肽链的折叠

——蛋白质三维结构的形成;1．蛋白质折叠的热力学基础;体外蛋白质复性研究;2．蛋白质折叠的动力学因素;动力学过程问题;通常出现的障碍;熔球态(meltonglobule);研究方法与能量变化;帮助正确折