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一、概述

1、微生物基因组学：是在微生物全基因测序基础上，对单个基因或多个基因作用、功效以及它们之间相互关系一门学科。

2、微生物基因组学是人类基因组学一部分：1994年美国首先发起微生物基因组研究计划，称为MGP计划（microbialgenomicproject,MGP），它是人类基因组计划一个主要组成部分。

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3.微生物基因组学主要研究内容

⑴从研究工作内容而言

①结构基因组学

②功效基因组学

③比较基因组学

⑵从工作次序而言

①微生物基因序列测定

②微生物基因组注释

③微生物基因组功效研究

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二、微生物基因组序列测定

㈠测序目标研究基因组前提和基础。

㈡测序策略

1.应依据待测序列长度、要求测序准确度和现有条件来制订测序策略。

2.测序类型分为两类:①确认性测序②从头测序

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大规模基因组测序几个支撑技术

Sanger双脱氧末端终止法

PCR技术1、克隆2、水生栖热菌(Thermusaquaticus)3.罗氏制药

DNA自动测序仪发展AppliedBiosystems美国应用生物系统企业

生物信息学分析软硬件设施

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DNA测序有几个方法,但到当前为止最惯用

是20世纪70年代中期创造链终止（Sanger法）

SangeristheonlychemisttohavereceivedtwoNobelPrizesinChemistry,thefirstasthesolerecipientin1958forhisworkoninsulin,andthesecondin1980,sharedwithPaulBergandWalterGilbert,forthesequencingofnucleicacids.

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“双脱氧末端终止”含义

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Sanger双脱氧末端终止法测序原理

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自动化测序

荧光染料标识物创造:

使链终止法用于自动化测序，用不一样荧光色彩标识ddNTP，如ddATP标识红色荧光，ddCTP标识蓝色荧光，ddGTP标识黄色荧光，ddTTP标识绿色荧光。因为每种ddNTP带有各自特定荧光颜色，而简化为由1个泳道同时判读4种碱基。

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第一代测序技术:Sanger等创造双脱氧核苷酸末端终止法和Gilbert等创造化学降解法。

第二代测序技术——循环阵列合成测序法

第三代测序技术（单分子测序,直接测序）

近期出现Helicos企业Heliscope单分子测序仪、PacificBiosciences企业SMRT技术和OxfordNanoporeTechnologies企业正在研究纳米孔单分子技术,被认为是第三代测序技术。

测序技术展望

非光学显微镜成像:将核苷酸空间线性排列方式可视化。

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美国X奖基金会年10月4日宣告设置一项金额高达1000万美元奖金，激励科学家“多快好省”地绘制出人类基因图谱。

规则:在30天内以高准确度测序100个百岁老人基因组样本，并覆盖98%基因组，每个基因组测序费用控制在1000美元或以下。

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㈢微生物基因组测序策略

1.随机测序法即不考虑方向性,随机对靶DNA进行测序,最终采取计算机拼装而得到完整序列信息。该方法又包含两种方法。

⑴鸟枪法它包含有三种消化法

①限制性内切酶消化法②超声波处理法③胰DNA酶消化法

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⑵人工转座子法

转座子是含有跳跃功效DNA元件，是细菌或酵母染色体上特定基因区，利用转座酶可使转座子随机插入靶DNA。

优点:

①一次体外反应即可形成大量转座子插入。

②能够在其上加入更有利于DNA测序（或制图）基因元件。

③人工合成转座子两头带有特殊引物位点，所以插入位点两侧序列可有效快速地得以确定。

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一段DNA次序能够从原位上单独复制或断裂下来,环化后插入另一位点,并对其后基因起调控作用,此过程称转座。

转座子(transposons)在原核生物与真核生物基因组中存在着可从一个染色体位点转移到另一位点一些DNA序列。（文件上有时形象地称其为是跳跃基因,jumpinggene）。

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