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文章解读单细胞水平上结直肠癌瘤内异质性

该研究团队从3名结直肠癌患者的肿瘤组织以及周围健康组织进

行取样，并从中分离出单细胞，用单细胞培育器官，从而实现在单细

胞水平上研究癌症突变，通过对比来源于同一组织的正常细胞、癌变

细胞的差异，解析癌症的发生发展过程。研究结果显示结直肠癌细胞

具有广泛的突变多样性，其突变率远高于正常肠细胞，并且肠癌组织

中每一个细胞遗传信息都不同，这表明肿瘤细胞的突变过程和正常细

胞具有显著的差异性。

文章题目：Intra-tumourdiversificationincolorectalcancer

atthesingle-celllevel

研究人员：英国WellcomeSanger研究所、荷兰Hubrecht研究

所

发表时间：2018.04.11

期刊名称：Nature

影响因子：40.137

研究背景

最近的一些研究通过识别癌克隆亚群组织中的共有突变探究了癌

细胞群中的遗传多样性。实际上肿瘤内遗传多样性可以通过单一癌细

胞DNA测序进行全面的揭示，但是目前的单细胞基因组测序仍要依赖

全基因组扩增，这会导致基因组覆盖不全和假突变的产生。表观基因

组学、转录组学、蛋白组学、代谢组学以及耐药性等功能状态的多样

性有可能在肿瘤细胞群扩增的过程中发生。但是从同一个单细胞中收

集所有这些特征和准确的基因组信息目前仍未被报道过。表观基因组

学和转录组学多样性起源尚不清楚，并且这些过程是短暂性还是稳定

性的也还不确定。

研究者开发了一种用新生结肠干细胞进行克隆器官的方案，比较

了来自癌组织和新生结肠上皮细胞的单细胞。通过比较单个癌细胞基

因组突变数量和同一组织单个正常细胞的突变数量揭示了肿瘤体细胞

突变率和突变过程是否不同于正常细胞。

研究方法与研究成果

1.克隆器官衍生

将来自三个未经治疗的结直肠癌患者的组织每个切成4-6块，器

官培养物来自于每块的细胞悬浮液，不同切块之间要保持隔离一周的

时间。随后打通各个切片器官培养之间的联通以获得独立克隆癌类器

官的单细胞，对于每个切片个体都要取正常的结肠癌样本以作后期对

比。对克隆器官应用已知的360个癌基因的编码区域进行测序，以寻

求可能的驱动突变，并对其中一个子集进行全基因组测序。此外还对

克隆类器官在470,000个CpG位点出的甲基化状态进行了分析，

RNA-seq用来评估对多种抗癌疗法应答机制。

2.体细胞突变系统进化树

研究者根据克隆类器官的体细胞突变为每个样本进行了系统进化

树的推导(Fig.1a-c)。进化树显示来源于相同肿瘤组织的分支更为密切，

然而每个类器官仍表现出广泛的遗传多样性，比如从P3.T3肿瘤样本

分离出的类器官克隆中，至少有40%的突变和来自于该组织的其它克

隆类器官不同。研究者在P1的癌细胞进化树中识别出了

BRAF(V600E),PIK3CA(E81K)和ACVR2A(截短蛋白的indel)中可能的

驱动突变，该样本的所有癌症克隆具有DNA错配修复缺陷和MLH1启

动子甲基化的微卫星不稳定性特征。此外PTEN和RNF43中的截短突

变可能仅存在于子集；P2样本中存在截短的APC突变和一种纯合剪接

位点TP53突变；P3样本中，癌症干细胞中存在KRAS突变和两个截

短的APC突变，并且在部分分支中存在TP53框内缺失。在来自于三

名患者的正常结肠上皮的克隆类器官中没有检测到驱动突变和MLH1

甲基化。

图1结直肠癌细胞进化中的突变模式

3.正常细胞和癌细胞的突变负荷

在样本P1、P2和P3的正常类克隆器官中发现平均有3,792、

3,172和3，621个碱基替换(Fig.2)，对应癌组织克隆中的平均碱基替

换个数分别为72,398、22,292和14,209。在小indel和基因重排的

数量上，正常类器官和癌克隆也存在很大的差异，正常结肠上皮细胞

中样本P1、P2、和P3中inde