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高大上的生信技能：染色质构象捕获

高中我们就知道DNA结构包括一级的碱基排列、二级的双螺旋结

构、三级的超螺旋结构。那您知道什么叫染色质构象吗？您知道染色

质构象的功能吗？您知道如何解读染色质构象吗？

一

染色质构象概念

DNA一级结构除了A、T、C、G四种碱基构成的序列，还能发现

转录因子结合位点、甲基化位点、组蛋白修饰位点以及变异位点等生

物学信息。二级结构主要指的是localnucleosome–nucleosome

interactions，即整合组蛋白修饰等一级结构和结合DNA的蛋白去调

控DNA的可接近性、染色质压缩和染色质纤维的物理性质等生物学过

程。而三级结构是指远程3D染色质互作和构造，其主要意义在于挖掘

维持机体正常活动的基因受到哪些基因功能元件的调控，比如

enhancer。总的来说就是染色质构象（图1），这种架构在基因的转

录、调控中起着非常重要的作用。

图1染色质结构示意图

二

基因功能元件互作

生物体有各种基因功能元件，包括顺式作用元件（cis-acting

element）和反式作用元件（trans-actingelement），顺式作用元

件包括启动子、增强子等。启动子一般位于结构基因5端上游，是

RNA聚合酶特异性识别和结合的一段DNA序列，与结构基因物理距

离很近，通常与转录因子结合来调控结构基因的表达。而增强子是增

加同它连锁的基因转录频率的DNA序列，其在基因组上的定位多变，

可能位于基因的5’端，也可位于基因的3’端，有的还位于基因的内

含子中，甚至远离靶基因高达几千kb也仍有增强作用。那么问题来了，

增强子离靶基因那么远，它是怎么起到调控作用的？据研究发现，像

增强子这种远距离元件主要是通过染色质压缩等高级结构的形成导致

与靶基因空间距离的靠近而起到调控作用的，如下图的A和C，在物

理距离相聚较远，但是线条的折叠反而给A和C营造了互作的机会，

是不是很神奇呢（图2）。

图2基因功能元件互作示意图

三

染色质构象捕获技术

在研究基因元件互作时，生物学领域有一个专有名词叫“染色质

构象捕获技术”。从2002年Deker提出3C，随着研究水平的提升和

测序成本的降低，后续逐渐衍生出4C、5C、CHIA-PET、Hi-C、

CaptureHi-C等技术。

图3染色质构象捕获技术流程图

这些技术在前期样本互作状态固定所采用的方法一致，只是后续

根据研究精度的需求涉及酶切、环化等不同处理（图3），具体功能表

现如下表：

表1常用染色质构象捕获技术

四

互作矩阵展示

纵观各种染色质构象捕获技术所采用的分析方法，万变不离其宗，

均是绘制观测互作矩阵（observedinteractionmatrix），即对最终

有效的contacts（下机数据质控后，剩下合格的每一个readpair即为

一个相互contact）按照一定的分辨率进行统计后的互作矩阵（图4）。

总的趋势是线性距离近的染色质之间有更强的交互作用，线性距离远

的染色质之间交互作用弱。在热图中，强的交互作用由深红色表示，

弱的交互作用由浅红色表示。

图410kb分辨率下的互作图谱

嗯，图是挺好看的，好多小三角形，这是在玩七巧板吗？作为生

信小白的我，表示理解有限。很多人是不是和小编一样直接歇菜，哭

晕在厕所……

现在，生信大神教您解读互作矩阵这座“金字塔”。例如，A、B、

Cgenes位于同一条染色体上（图2），假设A、B、C三者之间彼此

存在互作，把互作的两个基因连线形成一个等腰三角形，在三角形顶

角用颜色深浅来表示互作的强弱，然后根据统计的支持A和B