生物信息学lecture1近年原文.ppt

BasicApplicationsofBioinformaticsBy:李祥锴,兰大生命院李祥锴兰州大学生命科学院电话:8915162电邮:xkli@lzu.edu.cnQQ群:9352390课程安排教材:DNA和蛋白质序列数据分析工具，同时以QQ群(9352390)内上传的文献和讲义以四人为一小组，学习生物信息学数据库及软件的初步使用期中,每小组完成一篇关于生物信息学使用的项目（PPT），不得少于5次使用生物信息学软件或数据库学期后半段由赵志光老师教授生物信息学的实用编程技术为什么要学习生物信息学？一个生动的例子Whatisbioinformatics中文名称：生物信息学英文名称：bioinformatics：综合计算机科学、信息技术和数学的理论和方法来研究生物信息的交叉学科。包括生物学数据的研究、存档、显示、处理和模拟，基因遗传和物理图谱的处理，核苷酸和氨基酸序列分析，新基因的发现和蛋白质结构的预测等。林华安博士(Ph.D.,MBA)林华安博士，联合国生化信息学(Bioinformatics)专家，1986年首创生化信息学(Bioinformatics)一词，并发起首届国际生化信息学系列会议(BioinformaticsGenomeResearch)，使得生化信息学(Bioinformatics)一词在世界各地广为延用，现更成为许多大学中的热门科系。因此被公认为『生物信息之父』。生物信息学学科的迅速发展在90年代Humangenomeproject(HGP)10年时间完成了人类基因组草图（draftsequence)30亿个碱基对对3万多个基因进行了注释通过构建物理图谱进行测序采用Shotgun（鸟枪法）技术测序CPU每18个月速度提高一倍。生物学信息总量每10个月提高一倍Nowwhat?Biggestfindingafterthebig4生物信息学数据库迄今为止，生物学数据库总数已达500个以上。在DNA序列方面有GenBank、EMBL和DDBJ等。在蛋白质一级结构方面有SWISS-PROT、PIR和MIPS等。在蛋白质和其它生物大分子的结构方面有PDB等。NCBITIGRKEGGBRENDASWISS-PROTEMBLPDBMicrobesonline生物信息学的主要内容1、序列比对（Alignment）基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。序列比对是生物信息学的基础，非常重要。两个序列的比对有较成熟的动态规划算法，以及在此基础上编写的比对软件包——BALST和FASTA。这些软件在数据库查询和搜索中有重要的应用。有时两个序列总体并不很相似，但某些局部片断相似性很高。2、蛋白质结构预测包括2级和3级结构预测，是最重要的课题之一。从方法上来看有演绎法和归纳法两种途径。前者主要是从一些基本原理或假设出发来预测和研究蛋白质的结构和折叠过程。分子力学和分子动力学属这一范畴。后者主要是从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构。同源模建和指认（Threading）方法属于这一范畴。虽然经过30余年的努力，蛋白结构预测研究现状远远不能满足实际需要。3.计算机辅助基因识别(仅指蛋白质编码基因)基本问题是给定基因组序列后，正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.这是最重要的课题之一，而且越来越重要。原核生物计算机辅助基因识别相对容易些，结果好一些。从具有较多内含子的真核生物基因组序列中正确识别出起始密码子、剪切位点和终止密码子，是个相当困难的问题，研究现状不能令人满意，仍有大量的工作要做。4.非编码区分析和DNA语言研究在人类基因组中，编码部分仅占总序列的3~5%，其它通常称为“垃圾”DNA，其实一点也不是垃圾，只是我们暂时还不知道其重要的功能。分析非编码区DNA序列需要大胆的想象和崭新的研究思路和方法。DNA序列作为一种遗传语言，不仅体现在编码序列之中，而且隐含在非编码序列之中。5.分子进化和比较基因组学早期的工作主要是利用不同物种中同一种基因序列的异同来研究生物的进化，构建进化树。既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做，甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化。以上研究已经积累了大量的工作。近年来由于较多模式生物基因组测序任务的完成，为从整个基因组的角度来研究分子进化提供了条件。可以设想，比较两个或多个完整基因组这一工作需要新的思路和方法，当然也渴望得到更丰硕的成果。这方面可做的工作是很多的。6.分析序列中的保守序列 通过寻找保守序列，调控因子等元件，推测基因功能，调控方式，预测opero