测序与疾病研究系列02高通量测序技术在肠道微生态研究中的应用.pptx

;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;肠道微生态研究前沿;;;解螺旋 | 陪伴医生;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;;知识金牌;知识金牌;知识金牌;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;;解螺旋 |;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;;知识金牌;知识金牌;知识金牌;微生态组学介绍;微生物多样性 知识金牌;;知识金牌;知识金牌;知识金牌;知识金牌;;知识金牌;知识金牌;解螺旋 |;;知识金牌;知识金牌;知识金牌;知识金牌;知识金牌;知识金牌;知识金牌;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;运动员与短链脂肪酸含量相关的代谢通路高于对照组

解螺旋 | 陪伴医生科研成长;;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;解螺旋 | 陪;知识金牌;宏基因组 知识金牌;知识金牌;知识金牌;解螺旋;;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;;知识金牌;知识金牌;知识金牌;解螺旋 | 陪伴医生科研成长;研究思路与案例分享;针对疾病的分析方向;Doi:10.1038/nrmicro3451;研究思路;医口方案设计-简化方案;医口方案设计-完整方案;IBS患者和精神类疾病患者有类似的菌群信号

研究人群：

IBS患者（根据RomeIIIcriteria评估）

抑郁症患者（根据Mini-InternationalNeuropsychiatricInterview[MINI]DSM-IV评估）

样本：粪便样本

(n=45+15+25+20)

检测方法：16S多样性;临床症状和恒压器测试数据分析;IBS-D、抑郁症、COMO患者和健康人群群肠道菌群特征;拟杆菌和普氏菌分型分析;IBS-D、抑郁症和COMO患者肠型差异分析;结肠粘膜炎症与菌群信号（肠型）相关性分析

疫组化分析乙状结肠粘膜样本（24个I型、14个II型和23个III型样本，包括33位IBS-D、3位抑郁症、18位COMO患者和7位健康个体）MCP-1MIP-α、肥大细胞类胰蛋白酶和CD3+T细胞;案例分析内容;美吉客户文章

仁济医院马雄团队

IF=16.658

原发性胆汁性胆管炎患者肠道菌群改变并可以在UDCA治疗后部分恢复

测序项目：多样性

测序平台：IlluminaMiSeqPE300

样本类型：粪便

样本数量：193

分组设置：实验组、对照组、验证组

测序量：平均每个样本34,661cleanreads

doi.org/10.1136/gutjnl-2016-313332;PBC初治患者肠道菌群失调;利用12种PBC相关的属作为标记微生物区别疾病状态;UDCA治疗使得PBC肠道菌群失调部分改善

PBC富集的属Haemophilus, Streptococcus和

Pseudomonas在UDCA治疗后显著降低；

健康人中富集的四种属，有三种属

（Bacteroidetes,Sutterella和Oscillospira）在治疗后的患者中增加；

虽然治疗后Veillonella在患者肠道内并未降低，但其相对丰度在疗效欠佳的患者中显著高于疗效好的患者。;PBC患者菌群功能改变

16S功能预测分析;;样本来源：

196位中国人群（健康人、HTN、pHTN）对照组：41位健康人（年龄32-75）

pHTN组：56位高血压前期患者（年龄28-70）

HTN组：99位高血压患者（年龄28-69）;文献案例5;;文献案例5;文献案例5;文献案例5;文献案例5;文献案例5;文献案例5;文献案例5;案例分析内容;;期刊名称;取样方法;粪便样品;取样方法;样本数量

1、小样本量可以设置10个以内，大样本量数十甚至上百都可以；

小样本量可以解释生物学现象；大样本量可以揭示现象背后的机理；

2、实验组样品数和对照组样品数保持相近；

3、样本数越多，统计意义越显著，生物学解释越清晰，说服力越强。

生物学重复

1、重复：生物学重复和技术重复；

2、至少3个生物学重复；

3、重复、平行、混样的设置。

样本信息采集（Metadata）

医口：年龄、性别、种族、地域以及体重、健康状态、抗生素、生化指标等临床指标。;