甲基化与多组学研究专题05DNA甲基化与肿瘤研究.pptx

?DNA甲基化与肿瘤研究解螺旋|知识金牌

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌肿瘤与表观遗传调控

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解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌甲基化与肿瘤分型：幼年型粒-单核细胞白血病JMML是一种罕见的侵袭性骨髓增殖性疾病，有约50%是由KRAS，NRAS或PTPN11基因突变引起。目前对于JMML中的RAS通路的突变，与其生物学上的异质性和临床结果的关系尚不清楚。可通过甲基化标记将JMML分为三个亚组（甲基化水平高、中、低）。甲基化水平高的病人，预后较差；甲基化水平低的病人，预后良好。本文在分析中先分析了多功能造血干细胞（hematopoieticstemcells,HSC）与六种常见的血细胞（granulocytes,monocytes,NKcells,CD8+T-cells,CD4+T-cells,andB-cells）间的差异甲基化位点，这些位点是正常血细胞发育分化过程中变化的位点，在后续对JMML的分析中将被过滤掉。进一步找到JMML中变异的甲基化位点，以此作为对JMML的亚型区分的标记

知识金牌甲基化与肿瘤预后解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌甲基化组对难以区分的肿瘤的鉴定解螺旋|陪伴医生科研成长

解螺旋 | 陪伴医生知识金牌甲基化在细胞分化与肿瘤形成中的机制研究套细胞淋巴瘤(mantlecelllymphomas，MCL)是一种非霍奇金淋巴瘤，作为其起源的B淋巴细胞，本身就有着复杂的表观遗传背景，在成熟过程中的甲基化修饰发生了复杂的改变。对82例套细胞淋巴瘤(MCL)的DNA甲基化谱分析中,不但考虑到了肿瘤本身的异质性，同时也以B细胞成熟过程中各细胞亚群的甲基化谱数据进行比较分析。该研究发现：MCL可通过甲基化谱分为两个亚群,分别携带了生发中心（germinalcenter）和非生发中心的B细胞的甲基化印记；MCL淋巴瘤发生期间的甲基化谱在很大程度上受其来源的正常B细胞的甲基化动态的影响；远端的增强子元件的表观变异也可能是肿瘤的驱动原因；MCL的甲基化个体间差异很大，且甲基化变异的程度可以作为预后的指导。科研成长

知识金牌从分析上“纯化”MCL细胞解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌从主成分分析上鉴定MCL细胞的不同来源解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌与对应的正常B细胞的甲基化差异及意义解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌肿瘤免疫浸润的组成解螺旋|陪伴医生科研成长

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌表观遗传调控免疫

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌LancetRespirMedIF:21.466技术手段：850k、焦磷酸测序样本类型：FFPE样本样本数量：34+47+61区 域：法国、西班牙和意大利发现队列临床获益组(n=10)+无持续获益组(n=24)850K芯片评估表观遗传特征与PD-1阻断临床获益之间的相关性301个CpG位点的EPIMMUNE标记验证队列n=47(850K)FOXP1甲基化状态验证队列n=61(焦磷酸测序)TCGA数据验证DNA甲基化预测非小细胞肺癌抗PD-1免疫治疗反应

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌发现队列验证队列

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知识金牌根据MSI、CIMP和CIN状态将结直肠癌分为5种类型：MSI、CIMP?only、CIMP+CIN、CIN?only、三阴型IF:11.855案例：结直肠癌的分子分型解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌生存曲线和CRC死亡相关风险因素分析解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌结直肠癌甲基化生物标志物IF:16.658技术手段：450k、ddPCR样本类型：细胞系+组织+血浆样本数量：149+82+182区 域：意大利解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌组织样本和cfDNA样本的甲基化率解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌常规化疗方案治疗/单抗治疗后标志物的观察评估作用解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌用替莫唑胺治疗后标志物的观察评估作用解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌案例三：肿瘤细胞表观遗传异