甲基化与多组学研究专题02甲基化研究策略.pptx

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解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌0102033分以下文章套路3-5分文献套路6分以上文献套路CONTENTS课程目录

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌3分以下文章套路疾病组(CTEPH)n=5甲基化芯片实验（850K）差异甲基化分析GO/KEGG功能注释与富集分析甲基化位点验证(Pyrosequencing)n=15实验方法：450K、焦磷酸测序、qPCR样本类型：肺动脉平滑肌细胞(PASMCs)样本数量：芯片n=8,验证n=15+8区 域：中国正常对照组n=3异常甲基化与基因表达的关系(qPCR)n=8临床表型数据

知识金牌3分以下文章套路差异甲基化基因GOterms焦磷酸验证基因表达量验证基于KEGG数据的信号网络分析解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌3分以下文章套路实验方法：450K、MassARRAYEpiTYPER样本类型：脐带血样本数量：芯片n=60,验证n=205区 域：中国case组(孕妇患有GDM)婴儿脐带血n=30全基因组水平甲基化检测（850K）差异甲基化分析GO/KEGG功能注释与富集分析验证差异甲基化位点(MassARRAYEpiTYPERassays)case=102control=103对照组（正常孕妇）婴儿脐带血n=33芯片和验证实验相关性解螺旋|陪伴医生科研成长

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌3分以下文章套路37个显著差异甲基化位点聚类热图GO和KEGG分析

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌3分以下文章套路CaseVSControl甲基化芯片实验（850K）差异甲基化分析GO/KEGG功能注释与富集分析扩大样本验证(Pyrosequencing)高通量筛选得到差异甲基化，通过功能注释和富集分析差异甲基化位点与疾病相关的影响完成高通量筛选后，对样本进行低通量验证实验，保障数据的准确性分析差异甲基化与基因表达之间的关系建议样本量：4对~30对

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌3-5分文章套路进阶方法1：实验相对简单，样本下功夫实验方法：450k、SNP芯片、焦磷酸测序样本类型：口腔上皮细胞样本数量：206（110+96）区 域：美国214Samples（450K芯片）样本及数据的过滤与校正丢弃异常样本与血液样本对比(GSE42861)种族背景校正(通过SNP基因分型)同时进行两项分析DNA甲基化差异206Samples136Samples(基因型更一致的亚组)FASD=49,Control=87206SamplesFASD=110,Control=961661CpGs3005DMRs5242CpGs289DMRsoverlap1661CpGs3005DMRs

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌3-5分文章套路658diffCpGsite5CpGsitecomparison

3-5分文章套路 知识金牌差异甲基化位点与印记基因、原钙粘连素编码基因的关系解螺旋|陪伴医生科研成长

知识金牌GODiseaseEnrichment解螺旋|陪伴医生科研成长Up-methylatedGenesCo-expressionNetwork3-5分文章套路

知识金牌本文小结样本量大实验部分仅有芯片检测与焦磷酸验证两类面对未知机制，更多地是探索性研究大量引入其它公共数据集进行辅助分析解螺旋|陪伴医生科研成长3-5分文章套路

解螺旋 | 陪伴医生科研成长知识金牌3-5分文章套路进阶方法2：biomarker研究:生存曲线分析;独立样本风险评估癌症组n=24 正常组n=24甲基化芯片实验（850K）IF:5.365差异甲基化筛选扩大样本验证(Pyrosequencing)训练队列n=151验证队列n=150独立队列n=153生存曲线分析实验方法：450k、焦磷酸测序、qPCR样本类型：组织、细胞系样本数量：筛选24+24；验证151+150+153区 域：中国mRNA表达和DNA甲基化水平的比较(qPCR)

知识金牌3-5分文章套路差异甲基化聚类热图解螺旋|陪伴医生科研成长超甲基化基因pannel筛选流程

知识金牌3-5分文章套路解螺旋|陪伴医生科研成长基于甲基化基因Pannel的DFS和OS生存曲线分析鼻咽