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脑部疾病的综述

在过去的十年中，大量组学数据集被用于人脑研究。来自美国的

研究人员在《BriefingsinFunctionalGenomics》发表综述文章，总结

了健康对照组和神经精神疾病人脑的主要多组学数据资源，包括精神

分裂症、自闭症、双相情感障碍、阿尔茨海默氏病、帕金森病、进行

性核上性麻痹等。回顾了近年来单细胞技术在大脑研究中的发展（如

单核RNA-seq、单细胞ATAC-seq和空间转录组学），同时进一步研究

了组织和单细胞数据的综合多组学分析方法。最后讨论了人脑疾病多

组学研究的局限性和未来方向。

神经精神障碍正成为全世界的一个重大负担。了解人脑是最终找

到神经精神疾病治疗方法的关键步骤之一，研究人类神经精神疾病通

常有两大类：遗传研究和生物标志物研究。而遗传和生物标记物研究

都严重依赖多组学数据来实现其目标。

脑研究的多组学数据资源

研究团队调查了产生多组学数据的主要队列或项目，这些数据一

般用于人类生物学或特定于神经精神疾病。

注：由于篇幅限制，项目/联盟名单可能不完整，还有许多其他

重要的组学资源未在此列出。

综合性队列/项目

ENCODE：最初于2003年启动，旨在确定约1%的人类基因组的

调节功能。尽管ENCODE主要关注细胞系，但最近的更新包括一些来

自人脑、原代神经元或神经元细胞系的组学数据（即截至2020年12

月在人脑器官中进行的449次实验）。

RoadmapEpigenomics：主要从人类血液和22种组织类型收集

RNA-seq、ChIP-seq（组蛋白）、DNase-seq和甲基化数据。截至2020

年12月，ENCODE实验矩阵显示了Roadmap中发布的2154个多组学

人类数据集，包括158个与成人和胎儿人脑相关的数据集。

FANTOM：在过去20年中，FANTOM联盟收集了大量资源，以

了解健康人/小鼠细胞和组织的转录调控，包括非编码转录。FANTOM

数据已被用于多种多组学工具，例如HACER，整合FANTOM5、表达

数量性状位点（eQTL）数据库、来自ENCODE的转录因子结合位点

（TFBSs）、新生RNA测序（GRO/PRO-seq）和Hi-C数据，包括脑细胞

特异性分析。

GTEx：旨在描述不同个体和人体不同组织的基因表达水平的变

化。GTEx有多个脑区的转录组图谱，样本量相当大。

OmicsDI：是一个搜索多组学数据集的平台。它整合了来自多个

数据库的蛋白质组学、基因组学、代谢组学和转录组学数据集。截至

2020年12月，使用关键词“大脑”搜索产生了116261个结果，其

中10个是多组学数据集。

脑科学研究队列/项目

AllenBrainAtlas：收集了两个个体的大脑约900个神经解剖切

片的表达谱和MRI检测结果，有效地证明了基因表达与空间定位相关。

进一步的发展包括收集发育中的人类和小鼠大脑、老化、痴呆、创伤

性脑损伤（TBI）和IVY胶质母细胞瘤图谱项目的时间和空间基因表达。

最新补充的内容包括人类、小鼠和恒河猴皮层、海马、脊髓各部分的

scRNA-seq和原位杂交，以及丘脑的比较细胞解剖学信息。虽然基因

表达是AllenBrainAtlas的主要重点，但电生理和形态学数据的可用性

使其成为大脑空间转录组学的独特资源。

PsychENCODE：PsychENCODE数据以最大的大脑集合（2793个

独特的捐赠者）为特色，包括精神分裂症、双相情感障碍和自闭症在

内的对照和疾病组数据。额叶皮质是该联盟研究的主要脑区。

PsychENCODE数据是评估人脑组学群体变异的最佳数据之一，其正

在进入其第二阶段，重点是单细胞数据。

AMP-AD：其目标是应用尖端的系统和网络生物学方法，将来

自2000多个阿尔茨海默病（AD）各阶段的人脑的多维人类分子数据

（基因组、表观基因组、RNA、蛋白质组）与临床和病理数据相结合。

其中贡献最多多组学数据的三个最大的AMP-AD研究是ROSMAP、

MSBB和MayoRNAseq。AMP-AD数据集连同其他AD项目被托管在最

大的AD研究数据门户之一：

AMP-PD：旨在通过对现有队列中的PD患者数据和生物样本进

行深入