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#软件工具#使用Platanus进行组组装
1.platanus的安装
$mkdir/opt/biosoft/platanus
$wget
-P/opt/biosoft/platanus
$wget
E-P/opt/biosoft/platanus
$chmod755/opt/biosoft/platanus
的两个文件分别是主程序和说明文件。
2.platanus的使用
platanus下包含三个命令，分别是assemble，scaffold，
gap_close。其用法如下：个
这3个命令的共同参数为：
-t使用的线程数，此值=100，默认值为1。
-o输出文件的前缀，默认值为out。
2.1assemble
此命令基于Bruign图的算法来组装出contig
-fFILE1[File2...]
输入的文件，支持输入的文件总输入最大为100。文件可以为fasta
或fastq格式。软件会自动识别其格式。不会运用到碱基质量值，
碱基质量值对组装无任何影响。
-kINT
初始的k-mer大小，默认值为32。数据覆盖度低时，该值要设小
些。
-sINT
k-mer值的步进。此值必须=1，默认值为10。程序会使用多个
K-mer值进行contigs组装。
-nINT
初始的k-mer覆盖度的cutoff。默认值为0，即自动取值。自动取
值依赖于k-mer的频率分布。如果其分布不正常，则应该手动设
置。
-cINT
设置最小的k-mer覆盖度。默认值为2。在k-mer值越大的时候，
则k-mer覆盖度越小，其cutoff值越小，但此cutoff值不能低于此
参数设置的值。
-aFLOAT
K-mer值增大的安全性水平，默认值为10.0。增大最终的k-mer
值。如果牺牲准确性来延伸contig，则设置较低的值，比如为5.0。
-uFLOAT
消除气泡所运行的最大差异，默认值为0.1。此值越大，则越容易消
除气泡。特别是组杂合率高时，此值推荐设置更高，比如为
0.2。
-dFLOAT
当分支的覆盖率超过此值时，则截断分支，默认值为0.5。此值越
小，则准确率越高。如果碱基错误率较低，则适合设置较低的值，比
如0.3。
-mINT
限制内存，单位为GB，默认值为16。当程序需要消耗的内存超过
此值，则会提示警告，但不会中断运行。
此程序输出的文件为
PREFIX_contig.fa组装出的连续的序列
PREFIX_contigBubble.fa融合并删除的气泡序列
PREFIX_kmerFrq.tsvk-mers频数的分布
2.2scaffold
scaffold用于将pairedreads比对到contigs上，并确定contigs的
顺序和方向，构建出scaffolds。
-cFILE1[FILE2...]
contig文件。在此fasta文件的header中，程序识别字符‘cov’并
将其后的数值作为覆盖度的值。即使没有cov
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