玉米二态性InDel位点的鉴定和分子标记开发.pdf

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江苏农业学报（Jiangsu/o/Agr.Sci.),2016,32(6):1223〜1231

http：//www.jsnyxb.com1223

周玲，梁帅强，林峰，等.玉米二态性InDel位点的鉴定和分子标记开发[J].江苏农业学报，2016,32(6):1223-1231.

doi10.3969/j.issn.1000^440.2016.06.005：

玉米二态性InDel位点的鉴定和分子标记开发

周玲，梁帅强，林峰，吕远大

(江苏省农业科学院农业生物技术研究所/江苏省农业生物学重点实验室，江苏南京210014

摘要：随着下一代测序技术（Nextgenerationsequencing，NGS的发展，可以利用咼通量测序数据挖掘基因组特

异的插人/缺失(InDel位点，这使InDel分子标记的开发成为可能。本研究利用327份玉米自交系的测序数据，通过

全基因组结构变异评估发现分布于10条染色体上的25847个InDel位点。利用PIC值逸0.30的3304个位点进行系

统发育树构建和群体结构分析，其结果与利用SNP位点分析获得的结果高度一致，说明这些多态性较高的InDel位点

可以作为代表性标记用于玉米遗传组成的差异分析。采用53对PCR引物进行扩增试验，发现这些InDel引物具有位

点专化特征并且其杂交种鉴定的平均杂合率为0.5692,表明这些标记能准确鉴定出玉米杂交种的杂合度。

关键词：玉米；二态性InDel位点；系统发育树；群体结构

中图分类号：S513.3文献标识码：A文章编号：1000鄄4440(2016)06-1223-09

BiaUelicInDellocidetectionandmolecularmarkerdevelopmentinmaize

ZHOULing，LIANShuai-qiang，LINFeng，LUYuan-da

(Instituteo/Agro-biotechnology/ProvincialKeyLabo/Agro-biology，JiangsuAcademyo/AgriculturalSciences，Nanjing210014,China

Abstract：Nextgenerationsequencing(NGStechnologyrevolutionizedthethroughputofsequencedatageneration

andenabledgenome-wideidentificationofinsertionanddeletionvariation(InDel)，whichcouldprovidepotentialinforma

tionformolecularmarkerdevelopment.However，largescalecharacterizationofInDelinmaizegenomewaspoorlyunder

stood.Here，weevaluated327maizeinbreedlinesgenomesanddetectedmorethan25847biallelicInDellociacrossten

chromosomes.3304InDellociwithrelativehighP

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