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#软件工具#如何画KEGG信号通路图（一）
Joyo
在学习和工作中，我们总会遇到这样的问题：做实验的人感
的不仅仅是我们分析挖掘的genes,还有这些genes的功能，它们在信
号通路中的分布，是怎么影响信号传导的，等等。绘制一张信号通路
图，并且某些在通路中特别标记，是非常直观的，也是生物学家非
常喜欢的。
废话不多说，接下来首先向大家介绍一个最简单的方法。下面一
GSE37777为例。
首先，准备genelist。分析case、control样本间的差异表达情
况，按照常规上调用红色表示，下调用绿色表示，得到：
然后，在KEGG数据库中找打感的通路：
。如果对于通路没有头绪，先
做一个简单的富集分析，在挑选通路。这里我们以Hedgehogsignaling
pathway为例：
1.选择物种
2.点击userdatamapping,拷贝刚才的genelist:
3.返回pathwaysearchresult，这些gene就是你的genelist与pathway
之间的overlap
4.在刚才的pathway界面就会出现标记有overlapgene的通路，高表
达gene红色低表达绿色
然后我们就可以保存这张通路图，不过只能存为png格式，清晰度也
还是够的。
怎样？是不是很简单了，快来试试吧。
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