药物生物信息学.ppt

随着许多生物的基因组被测序，特别是人类基因组计划的完成后，科学家们已经开始研究功能基因组学在mRNA水平上观察基因表达的图谱（转录组）和蛋白质水平观察基因表达的图谱（蛋白质组）基因组与功能基因组数据库也就开始建立02030101由美国JohnsHopkins大学于1990建立，是重要的人类基因组数据库，现在由加拿大儿童医院生物信息中心负责管理，网址为：02GDB数据库用表格的方式给出基因结构数据库，包括基因单位、PCR位点、细胞遗传标记、重复片段等一、GDB21人类基因组中的序列只有3％可以编码蛋白质，因此转录图谱可以把基因组中能够编码的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源Unigene是通过计算机程序对Genbank中的数据进行适当的处理，以便研究基因的转录图谱。其网址为：二、Unigene酵母基因组数据库，是已完成基因组测序的啤酒酵母基因组数据库网址：三、SGD01TDB02包括DNA和蛋白质序列、基因表达、细胞功能以及蛋白质家族信息等。并收录人、植物、微生物等分类信息网址为：网址为：线虫基因组数据库五、AceDB是EST数据库网址是：六、dbEST关于转录因子及其结合位点的数据库01网址为：02七、TRANSFAC真核生物转录调控数据库网址：八、TRRD网址：www.gene-regulation.此数据库收集了脊椎动物在转录调节区的调节元件信息BA九、COMPEL密码子使用频度表（CUTG），是通过Genbank中DNA序列统计出来的1网址：2十、CUTG第四节蛋白质序列数据库该数据库力图提供高水平的数据注释信息，包括对蛋白质功能、结构域的结构、蛋白质翻译后的修饰、突变体的描述。其目标是提供禁垦恩更详尽的、很少冗余的数据，而且数据库中的连接可以直结链接到其它资源上01数据库的网址为：。02一、SWISS-PROT数据库PIR是国际上最大的公共蛋白质序列数据库，是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库。所有的序列都经过整理，超过99％的序列已经按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类数据库网址为：二、PIR数据库收集了生物学有显著意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速可靠地鉴别一个未知功能蛋白的蛋白序列应该属于哪一个蛋白家族网址为：三、PROSITE数据库是建立在蛋白质指纹技术之上的数据库。蛋白质序列指纹图谱是基于多序列的对比结果，它有比对结果得到一系列相当保守的序列模体构建而成，用来表示蛋白质家族特征数据库网址为：四、PRINTS数据库STEP1STEP2STEP3翻译的EMBL，是1996年创建并增补到SWISSPROT数据库中序列是一些免疫球蛋白和T细胞受体、少于8个氨基酸的碎片、合成的序列、具有专利的序列和不能编码真正蛋白的密码子网址为：五、TrEMBL数据库包含在PIR数据库中，从蛋白质结构数据库PDB中提取出来的序列构成的数据库库网址为：六、NRL-3D数据库第五节蛋白质结构数据库蛋白质空间结构数据库是随着X射线晶体衍射分子结构测定技术出现而出现的数据库PDB是一个重要的蛋白质结构数据库，在蛋白质序列数据库诞生之前的20世纪70年代就已经问世PDB数据库网址为：除了生物序列数据库外，生物大分子的三维结构数据库是另一类重要的分子生物学数据库PDB数据库中虽然有几千套数据，但其中许多突变体的结构，以及高度同源结构，蛋白质折叠模式是有限的，最著名的结构分类数据库是英国研究小组建立的，分别是SCOP和CATHSCCP：.CATH:第六节蛋白质结构分类数据库第五节常用生物软件

一、PrimerPremier5.0PrimerPremier5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件可以进行引物设计窗口、酶切分析、基元分析（Motif）二、DNAStar可以进行ORF的寻找、酶切位点分析、同源序列比对等分析三、Bandscan是一款对蛋白质电泳条带进行定量分析的软件四、Winplas一款质粒作图软件第十章药物生物信息学第一节药物生物信息学概论生物信息学随着人类基因组计划的全面开展和深入而出现的一门新兴的学科2004年2月已经有170多个生物的基因组被测定，核苷酸数目达到200亿对这些数据进行处理分析就必须发展新的分析理论、方法、技术和工具，所以必须依赖计算机的信息处理010302一、概念生物信息学就是在上述背景下发展起来的综合应